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Bacteriophages Can Treat and Prevent Pseudomonas aeruginosa Lung Infections

 Laurent Debarbieux , Dominique Leduc , Damien Maura , Eric Morello , Alexis Criscuolo , et al.
Journal of Infectious Diseases, 2010, 201 (7), pp.1096 - 1104. ⟨10.1086/651135⟩
Article dans une revue pasteur-01425464v1
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ROCK: digital normalization of whole genome sequencing data

 Véronique Legrand , Thomas Kergrohen , Nicolas Joly , Alexis Criscuolo
Journal of Open Source Software, 2022, 7 (73), pp.3790. ⟨10.21105/joss.03790⟩
Article dans une revue pasteur-04132786v1

Phylogénie moléculaire

 Samuel Blanquart , Alexis Criscuolo , Christophe J Douady , Emmanuel Douzery , Nicolas Lartillot , et al.
Thierry Lefèvre; Michel Raymond; Frédéric Thomas. Biologie évolutive, De Boeck, 2010, 9782804101619
Chapitre d'ouvrage hal-04001134v1
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Whole genome-based population biology and epidemiological surveillance of Listeria monocytogenes

 Alexandra Moura , Alexis Criscuolo , Hannes Pouseele , Mylène M. Maury , Alexandre Leclercq , et al.
Nature Microbiology, 2016, 2, pp.16185. ⟨10.1038/nmicrobiol.2016.185⟩
Article dans une revue pasteur-01415883v1
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Genus-wide Yersinia core-genome multilocus sequence typing for species identification and strain characterization

 Cyril Savin , Alexis Criscuolo , Julien Guglielmini , Anne-Sophie Le Guern , Elisabeth Carniel , et al.
Microbial Genomics, 2019, 5 (10), ⟨10.1099/mgen.0.000301⟩
Article dans une revue pasteur-02545814v1
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Paenibacillus plantiphilus sp. nov. from the plant environment of Zea mays

 Peter Kämpfer , André Lipski , Lucie Lamothe , D. Clermont , Alexis Criscuolo , et al.
Antonie van Leeuwenhoek, 2023, ⟨10.1007/s10482-023-01852-x⟩
Article dans une revue pasteur-04135943v1
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Proteome remodelling by the stress sigma factor RpoS/σS in Salmonella: identification of small proteins and evidence for post-transcriptional regulation

 Magali Lago , Véronique Monteil , Thibaut Douche , Julien Guglielmini , Alexis Criscuolo , et al.
Scientific Reports, 2017, 7, pp.2127. ⟨10.1038/s41598-017-02362-3⟩
Article dans une revue pasteur-01540240v1
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Outbreak of Invasive Wound Mucormycosis in a Burn Unit Due to Multiple Strains of Mucor circinelloides f. circinelloides Resolved by Whole-Genome Sequencing

 Dea Garcia-Hermoso , Alexis Criscuolo , Soo Chan Lee , Matthieu Legrand , Marc Chaouat , et al.
mBio, 2018, 9 (2), pp.e00573-18 ⟨10.1128/mBio.00573-18⟩
Article dans une revue pasteur-01854232v1
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Méthodes de distance pour l'inférence phylogénomique

 Alexis Criscuolo
Autre [cs.OH]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00142222v1

Flavobacterium bizetiae sp. nov., isolated from diseased freshwater fish in Canada at the end of the 1970s

 Estelle Mühle , Chloé Abry , Priscilla Leclerc , Gogoa-Marthe Goly , Alexis Criscuolo , et al.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2021, 71 (1), pp.004576. ⟨10.1099/ijsem.0.004576⟩
Article dans une revue pasteur-03082360v1

Author Correction: The population structure of Clostridium tetani deduced from its pan-genome

 Diana Chapetón-Montes , Lucile Plourde , Christiane Bouchier , Laurence Ma , Laure Diancourt , et al.
Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-53688-z⟩
Article dans une revue pasteur-02448687v1
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The speciation and hybridization history of the genus Salmonella

 Alexis Criscuolo , Sylvie Issenhuth-Jeanjean , Xavier Didelot , Kaisa Thorell , James Hale , et al.
Microbial Genomics, 2019, 5 (8), ⟨10.1099/mgen.0.000284⟩
Article dans une revue pasteur-02481833v1

Pseudoneobacillus rhizosphaerae gen. nov., sp. nov., isolated from maize root rhizosphere

 Peter Kämpfer , Stefanie Glaeser , Hans-Jürgen Busse , John Mcinroy , Dominique Clermont , et al.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2022, 72 (5), ⟨10.1099/ijsem.0.005367⟩
Article dans une revue pasteur-03791340v1
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Simulation data for the estimation of numerical constants for approximating pairwise evolutionary distances between amino acid sequences

 Thomas Bigot , Julien Guglielmini , Alexis Criscuolo
Data in Brief, 2019, 25, pp.104212. ⟨10.1016/j.dib.2019.104212⟩
Article dans une revue pasteur-03265225v1
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Draft Genome Sequence of Campylobacter coli Strain IPSID-1 Isolated from a Patient with Immunoproliferative Small Intestinal Disease

 Alexis Criscuolo , Arnaud de La Blanchardière , Solène Coeuret , Virginie Passet , Virginie Saguet-Rysanek , et al.
Genome Announcements, 2014, 2 (2), pp.e00079-14. ⟨10.1128/genomeA.00079-14⟩
Article dans une revue pasteur-02869569v1
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Saprochaete clavata Outbreak Infecting Cancer Center through Dishwasher

 Estelle Menu , Alexis Criscuolo , Marie Desnos-Ollivier , Carole Cassagne , Evelyne D’incan , et al.
Emerging Infectious Diseases, 2020, 26 (9), pp.2031-2038. ⟨10.3201/eid2609.200341⟩
Article dans une revue hal-03165193v1
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Fast NJ-Like Algorithms to Deal with Incomplete Distance Matrices

 Alexis Criscuolo , Olivier Gascuel
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (166), pp.1471-2105. ⟨10.1186/1471-2105-9-166⟩
Article dans une revue lirmm-00324110v2
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PhySIC: A Veto Supertree Method with Desirable Properties

 Vincent Ranwez , Vincent Berry , Alexis Criscuolo , Pierre-Henri Fabre , Sylvain Guillemot , et al.
Systematic Biology, 2007, 56 (5), pp.798-817. ⟨10.1080/10635150701639754⟩
Article dans une revue lirmm-00194235v1
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Whole-Genome Sequences of a Cluster of 14 Unidentified Related Veillonella sp. Strains from Human Clinical Samples and Type Strains of 3 Veillonella Validated Species

 Fabien Aujoulat , Michel R. Popoff , Laure Diancourt , Alexis Criscuolo , Hélène Jean-Pierre , et al.
Microbiology Resource Announcements, 2019, 8 (12), ⟨10.1128/MRA.01743-18⟩
Article dans une revue pasteur-02448615v1
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Two Clostridium perfringens Type E Isolates in France

 Laure Diancourt , Jean Sautereau , Alexis Criscuolo , Michel R. Popoff
Toxins, 2019, 11 (3), pp.E138. ⟨10.3390/toxins11030138⟩
Article dans une revue pasteur-02448780v1

Psychrobacter Pasteurii and Psychrobacter Piechaudii Sp. Nov., Two Novel Species Within the Genus Psychrobacter

 Raquel Hurtado-Ortiz , Anissa Nazimoudine , Alexis Criscuolo , Perrine Hugon , Damien Mornico , et al.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (9), pp.3192-3197. ⟨10.1099/ijsem.0.002065⟩
Article dans une revue pasteur-02612610v1

Uncovering Listeria monocytogenes hypervirulence by harnessing its biodiversity

 Mylène M Maury , Yu-Huan Tsai , Caroline Charlier , Marie Touchon , Viviane Chenal-Francisque , et al.
Nature Genetics, 2016, 48 (3), pp.308-313. ⟨10.1038/ng.3501⟩
Article dans une revue pasteur-02170775v1

Campylobacter coli cultured from the stools of a patient with immunoproliferative small intestinal disease

 S. Coeuret , A. de La Blanchardière , V. Saguet-Rysanek , S. Cheze , M. Tavernier , et al.
Clinical Microbiology and Infection, 2014, 20 (9), pp.908-911. ⟨10.1111/1469-0691.12545⟩
Article dans une revue pasteur-02869792v1
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The population structure of Clostridium tetani deduced from its pan-genome

 Diana Chapetón-Montes , Lucile Plourde , Christiane Bouchier , Laurence Ma , Laure Diancourt , et al.
Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-47551-4⟩
Article dans une revue pasteur-02448683v1
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SDM: Une Méthode de Distance Rapide pour les Etudes de Phylogénomique

 Alexis Criscuolo , Vincent Berry , Emmanuel J.P. Douzery , Olivier Gascuel
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques, Jul 2005, Lyon, France. pp.231-244
Communication dans un congrès lirmm-00106495v1
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Emergence and clonal expansion of in vitro artemisinin-resistant Plasmodium falciparum kelch13 R561H mutant parasites in Rwanda

 Aline Uwimana , Eric Legrand , Barbara Stokes , Jean-Louis Mangala Ndikumana , Marian Warsame , et al.
Nature Medicine, 2020, ⟨10.1038/s41591-020-1005-2⟩
Article dans une revue pasteur-02911712v1

Large-Scale Phylogenomic Analyses Indicate a Deep Origin of Primary Plastids within Cyanobacteria

 Alexis Criscuolo , Simonetta Gribaldo
Molecular Biology and Evolution, 2011, 28 (11), pp.3019-3032. ⟨10.1093/molbev/msr108⟩
Article dans une revue pasteur-02445843v1
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Multicenter Outbreak of Infections by Saprochaete clavata , an Unrecognized Opportunistic Fungal Pathogen

 Sophie Vaux , Alexis Criscuolo , Marie Desnos-Ollivier , Laure Diancourt , Chloé Tarnaud , et al.
mBio, 2014, 5 (6), pp.e02309-14. ⟨10.1128/mBio.02309-14⟩
Article dans une revue hal-01484251v1
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Genomic epidemiology and global diversity of the emerging bacterial pathogen Elizabethkingia anophelis

 Sebastien Breurec , Alexis Criscuolo , Laure Diancourt , Olaya Rendueles , Mathias Vandenbogaert , et al.
Scientific Reports, 2016, 6, pp.30379. ⟨10.1038/srep30379⟩
Article dans une revue hal-02613124v1
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On the transformation of MinHash-based uncorrected distances into proper evolutionary distances for phylogenetic inference

 Alexis Criscuolo
F1000Research, 2020, 9, pp.1309. ⟨10.12688/f1000research.26930.1⟩
Article dans une revue pasteur-03264539v1
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