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Agnès BOUCHEZ

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Présentation

Ecologie microbienne aquatique

Publications

1136618

Environmental filtering and mass effect are two important processes driving lake benthic diatoms: Results of a DNA metabarcoding study in a large lake

Frédéric Rimet , Alexis Canino , Teofana Chonova , Julie Guéguen , Agnes Bouchez
Molecular Ecology, 2023, 32 (1), pp.124-137. ⟨10.1111/mec.16737⟩
Article dans une revue hal-03881952v1
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Which barcode to decipher freshwater microalgal assemblages? Tests on mock communities

Alexis Canino , Clarisse Lemonnier , Benjamin Alric , Agnes Bouchez , Isabelle Domaizon
International Journal of Limnology, 2023, 59, pp.8. ⟨10.1051/limn/2023008⟩
Article dans une revue hal-04210529v1

Diatom endemism and taxonomic turnover: Assessment in high-altitude alpine lakes covering a large geographical range

Frédéric Rimet , Eveline Pinseel , Agnes Bouchez , Bella Japoshvili , Levan Mumladze
Science of the Total Environment, 2023, 871, pp.161970. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.161970⟩
Article dans une revue hal-04247525v1
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Phytool, a ShinyApp to homogenise taxonomy of freshwater microalgae from DNA barcodes and microscopic observations

Alexis Canino , Agnes Bouchez , Christophe Laplace-Treyture , Isabelle Domaizon , Frédéric Rimet
Metabarcoding and Metagenomics, 2021, 5, pp.199-205. ⟨10.3897/mbmg.5.74096⟩
Article dans une revue hal-03484541v1

Fish eDNA metabarcoding from aquatic biofilm samples: Methodological aspects

Sinziana Rivera , Frédéric Rimet , Valentin Vasselon , Marine Vautier , Isabelle Domaizon
Molecular Ecology Resources, 2021, ⟨10.1111/1755-0998.13568⟩
Article dans une revue hal-03510613v1
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Metadata standards and practical guidelines for specimen and DNA curation when building barcode reference libraries for aquatic life

Frédéric Rimet , Eva Aylagas , Ángel Borja , Agnes Bouchez , Alexis Canino
Metabarcoding and Metagenomics, 2021, 5, pp.e58056. ⟨10.3897/mbmg.5.58056⟩
Article dans une revue pasteur-03159791v1

Evaluation and sensitivity analysis of diatom DNA metabarcoding for WFD bioassessment of Mediterranean rivers

Javier Pérez-Burillo , Rosa Trobajo , Valentin Vasselon , Frédéric Rimet , Agnes Bouchez
Science of the Total Environment, 2020, 727, ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.138445⟩
Article dans une revue hal-02557859v1
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Diatom DNA metabarcoding for biomonitoring: strategies to avoid major taxonomical and bioinformatical biases Llmiting molecular indices capacities

Kálmán Tapolczai , François Keck , Agnes Bouchez , Frédéric Rimet , Maria Kahlert
Frontiers in Ecology and Evolution, 2019, 7, ⟨10.3389/fevo.2019.00409⟩
Article dans une revue hal-02624302v1

Molecular versus morphological data for benthic diatoms biomonitoring in Northern Europe freshwater and consequences for ecological status

Bonnie Bailet , Agnes Bouchez , Alain Franc , Jean-Marc Frigerio , François Keck
Metabarcoding and Metagenomics, 2019, 3, ⟨10.3897/mbmg.3.34002⟩
Article dans une revue hal-02432989v1

Phylogenetic signal in diatom ecology: perspectives for aquatic ecosystems biomonitoring

François Keck , Frédéric Rimet , Alain Franc , Agnes Bouchez
Ecological Applications, 2016, 26 (3), pp.861 - 872. ⟨10.1890/14-1966⟩
Article dans une revue hal-01426854v1
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R-Syst::diatom: an open-access and curated barcode database for diatoms and freshwater monitoring

Frédéric Rimet , Philippe Chaumeil , François Keck , Lenaïg Kermarrec , Valentin Vasselon
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, 2016, pp.baw016. ⟨10.1093/database/baw016⟩
Article dans une revue hal-01426772v1
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phylosignal: an R package to measure, test, and explore the phylogenetic signal

François Keck , Frédéric Rimet , Agnes Bouchez , Alain Franc
Ecology and Evolution, 2016, 6 (9), pp.2774 - 2780. ⟨10.1002/ece3.2051⟩
Article dans une revue hal-01426773v1

The effect of temperature and a herbicide mixture on freshwater periphytic algae

Floriane Larras , A.S. Lambert , Stéphane Pesce , Frédéric Rimet , Agnes Bouchez
Ecotoxicology and Environmental Safety, 2013, 98, pp.162-170. ⟨10.1016/j.ecoenv.2013.09.007⟩
Article dans une revue hal-02599031v1

Next-generation sequencing to inventory taxonomic diversity in eukaryotic communities: a test for freshwater diatoms

Lenaïg Kermarrec , Alain Franc , Frédéric Rimet , Philippe Chaumeil , Jean-François Humbert
Molecular Ecology Resources, 2013, 13, pp.607-619
Article dans une revue bioemco-00840234v1

Transplantation of Microbenthic Algal assemblages to Assess Structural and Functional Recovery After Diuron Exposure

Ursula Dorigo , A. Berard , Agnes Bouchez , Frédéric Rimet , Bernard Montuelle
Archives of Environmental Contamination and Toxicology, 2010, 59 (4), pp.555-563. ⟨10.1007/s00244-010-9511-8⟩
Article dans une revue hal-02593840v1

In situ assessment of periphyton recovery in a river contaminated by pesticides

Ursula Dorigo , A. Berard , Frédéric Rimet , Agnes Bouchez , Bernard Montuelle
Aquatic Toxicology, 2010, 98 (4), pp.396-406. ⟨10.1016/j.aquatox.2010.03.011⟩
Article dans une revue hal-02593841v1
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Des bioindicateurs pour évaluer l’impact ou la restauration vis-à-vis des pesticides – Invertébrés

Thierry Caquet , Marc Roucaute , Frédéric Rimet , Agnes Bouchez
Colloque ONEMA Les méthodes d'évaluation de l'état des eaux : situation et perspectives dans le contexte de la DCE, Apr 2011, Paris, France. 20 p
Communication dans un congrès hal-01453818v1
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Des bioindicateurs pour évaluer l’impact ou la restauration vis-à-vis des pesticides - Diatomées

Frédéric Rimet , Rémy Marcel , Thierry Caquet , Agnes Bouchez
Colloque ONEMA Les méthodes d'évaluation de l'état des eaux: situation et perspectives dans le contexte de la DCE, Jan 2011, Paris, France. 20 p
Communication dans un congrès hal-01453828v1

Biofilms et évaluation d'impact chimique en milieux aquatiques

Bernard Montuelle , Vincent Berthon , Agnes Bouchez , François Delmas , Soizic Morin
Ecologie 2010, Sep 2010, Montpellier, France. pp.125-125
Communication dans un congrès hal-02593811v1