Positive and negative cycles in Boolean networks
Adrien Richard
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Number of Fixed Points and Disjoint Cycles in Monotone Boolean Networks
Julio Aracena
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Adrien Richard
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Analysing Formal Models of Genetic Regulatory Networks with Delays: Applications to Lambda phage and T-cell Activation Systems
Jamil Ahmad
,
Olivier Roux
,
Gilles Bernot
,
Jean-Paul Comet
,
Adrien Richard
Int. J. Bioinformatics Research and Applications , 2008, 4 (3), pp.240-262
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Topological fixed points in Boolean networks
Loïc Paulevé
,
Adrien Richard
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Nilpotent dynamics on signed interaction graphs and weak converses of Thomas' rules
Adrien Richard
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Delays in Biological Regulatory Networks
Jamil Ahmad
,
Adrien Richard
,
Gilles Bernot
,
Jean-Paul Comet
,
Olivier Roux
Proceedings of the 2nd International Workshop on Bioinformatics Research and Applications , 2006, United Kingdom. pp.887--894,
⟨10.1007/11758525_118⟩
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Necessary conditions for multi-attractivity in discrete dynamical systems
Adrien Richard
Dynamics and structure of biological networks , 2006, France
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Fixed points and connections between positive and negative cycles in Boolean networks
Adrien Richard
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How to Knock Out Feedback Circuits in Gene Networks?
H Gruber
,
A Richard
,
C Soulé
Pattern Formation in Morphogenesis - Problems and Mathematical Issues , 2013, 978-3-642-20164-6
Chapitre d'ouvrage
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Views on the choice of simulation tools, compared in the context of the same model: the bacteriophage Lambda
Anastasia Yartseva
,
Denis Mestivier
,
Pierre-Yves Boëlle
,
Adrien Richard
,
Guillaume Hutzler
Complexity Advanced Course: From functional genomics to molecular networks and back , 2005, Evry, France
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Necessary conditions for multistationarity in discrete dynamical systems
Adrien Richard
,
Jean-Paul Comet
Discrete Applied Mathematics , 2007, 155 (18), pp.2403-2413
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On the convergence of Boolean automata networks without negative cycles
Tarek Melliti
,
Damien Regnault
,
Adrien Richard
,
Sylvain Sené
19th International Workshop on Cellular Automata and Discrete Complex Systems (AUTOMATA 2013) , Sep 2013, Gießen, Germany. pp.124--138,
⟨10.1007/978-3-642-40867-0_9⟩
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Simple dynamics on graphs
Maximilien Gadouleau
,
Adrien Richard
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Quelques problèmes autour de la modélisation des réseaux de régulation de R. Thomas
Jean-Paul Comet
,
Adrien Richard
,
Gilles Bernot
Exposé à l'ENS Ulm, département informatique , 2005, Paris, France
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Fixed Points of Boolean Networks, Guessing Graphs, and Coding Theory
Maximilien Gadouleau
,
Adrien Richard
,
Søren Riis
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From kernels in directed graphs to fixed points and negative cycles in Boolean networks
Adrien Richard
,
Paul Ruet
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R. Thomas' Modeling of Biological Regulatory Networks: introduction of Singular States in the Qualitative Dynamics
Adrien Richard
,
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Gilles Bernot
Fundamenta Informaticae , 2005, 65, pp.373--392
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Boolean models of biosurfactants production in Pseudomonas fluorescens
Adrien Richard
,
Gaelle Rossignol
,
Jean-Paul Comet
,
Gilles Bernot
,
Janine Guespin-Michel
,
et al.
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On circuit functionality in Boolean networks
Jean-Paul Comet
,
Mathilde Noual
,
Adrien Richard
,
J. Aracena
,
Laurence Calzone
,
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istex
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Ateliers de démonstration et de comparaison d'outils de modélisation autour de modèles biologiques communs
Anastasia Yartseva
,
Denis Mestivier
,
Pierre-Yves Boëlle
,
Adrien Richard
,
Guillaume Hutzler
Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Montpellier, France , 2005, France
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Fixed points in conjunctive networks and maximal independent sets in graph contractions
Julio Aracena
,
Adrien Richard
,
Lilian Salinas
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Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive
Sébastien Laurent
,
Adrien Richard
,
Odile Mulner-Lorillon
,
Julia Morales
,
Didier Flament
,
et al.
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Complexity of Maximum Fixed Point Problem in Boolean Networks
Florian Bridoux
,
Nicolas Durbec
,
Kévin Perrot
,
Adrien Richard
Computing with Foresight and Industry, 15th Conference on Computability in Europe, CiE 2019 , Jul 2019, Durham, United Kingdom. pp.132-143,
⟨10.1007/978-3-030-22996-2_12⟩
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Formal Methods for Modeling Biological Regulatory Networks
Adrien Richard
,
Jean-Paul Comet
,
Gilles Bernot
Modern Formal Methods and Applications , Springer, pp.83--122, 2006
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Fixing monotone Boolean networks asynchronously
Julio Aracena
,
Maximilien Gadouleau
,
Adrien Richard
,
Lilian Salinas
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Maximum number of fixed points in AND–OR–NOT networks
J Aracena
,
Adrien Richard
,
L Salinas
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Fixed point theorems for Boolean networks expressed in terms of forbidden subnetworks
Adrien Richard
Theoretical Computer Science , 2015, 583, pp.1-26
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Quelques problèmes autour de la modélisation des réseaux de régulation de R. Thomas
Jean-Paul Comet
,
Adrien Richard
,
Gilles Bernot
Exposé à l'ENS Ulm, département informatique , 2005, Paris, France
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Local negative circuits and fixed points in Boolean networks
Adrien Richard
Discrete Applied Mathematics , 2011, 159 (11), pp.1085-1093
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,
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,
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,
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,
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