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Nilpotent dynamics on signed interaction graphs and weak converses of Thomas' rules

 Adrien Richard
Discrete Applied Mathematics, 2019, 267, pp.160-175. ⟨10.1016/j.dam.2019.04.025⟩
Article dans une revue hal-02403960v1
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Topological fixed points in Boolean networks

 Loïc Paulevé , Adrien Richard
Comptes rendus de l'Académie des sciences. Série I, Mathématique, 2010, 348 (15-16), pp.825-828. ⟨10.1016/j.crma.2010.07.014⟩
Article dans une revue hal-00510892v1

Positive and negative cycles in Boolean networks

 Adrien Richard
Journal of Theoretical Biology, 2019, 463, pp.67-76. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.11.028⟩
Article dans une revue hal-02403956v1
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Number of Fixed Points and Disjoint Cycles in Monotone Boolean Networks

 Julio Aracena , Adrien Richard , Lilian Salinas
SIAM Journal on Discrete Mathematics, 2017, 31 (3), pp.1702 - 1725. ⟨10.1137/16M1060868⟩
Article dans une revue hal-01630477v1

Analysing Formal Models of Genetic Regulatory Networks with Delays: Applications to Lambda phage and T-cell Activation Systems

 Jamil Ahmad , Olivier Roux , Gilles Bernot , Jean-Paul Comet , Adrien Richard
Int. J. Bioinformatics Research and Applications, 2008, 4 (3), pp.240-262
Article dans une revue hal-00415808v1
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Delays in Biological Regulatory Networks

 Jamil Ahmad , Adrien Richard , Gilles Bernot , Jean-Paul Comet , Olivier Roux
Proceedings of the 2nd International Workshop on Bioinformatics Research and Applications, 2006, United Kingdom. pp.887--894, ⟨10.1007/11758525_118⟩
Communication dans un congrès hal-00341972v1

Necessary conditions for multi-attractivity in discrete dynamical systems

 Adrien Richard
Dynamics and structure of biological networks, 2006, France
Communication dans un congrès hal-00343078v1

Fixed points and connections between positive and negative cycles in Boolean networks

 Adrien Richard
Discrete Applied Mathematics, 2018, 243, pp.1-10. ⟨10.1016/j.dam.2017.12.037⟩
Article dans une revue hal-01804329v1

Views on the choice of simulation tools, compared in the context of the same model: the bacteriophage Lambda

 Anastasia Yartseva , Denis Mestivier , Pierre-Yves Boëlle , Adrien Richard , Guillaume Hutzler
Complexity Advanced Course: From functional genomics to molecular networks and back, 2005, Evry, France
Communication dans un congrès hal-00340471v1
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How to Knock Out Feedback Circuits in Gene Networks?

 H Gruber , A Richard , C Soulé
Pattern Formation in Morphogenesis - Problems and Mathematical Issues, 2013, 978-3-642-20164-6
Chapitre d'ouvrage hal-01298860v1
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Fixed points in conjunctive networks and maximal independent sets in graph contractions

 Julio Aracena , Adrien Richard , Lilian Salinas
Journal of Computer and System Sciences, 2017, 88, pp.145-163. ⟨10.1016/j.jcss.2017.03.016⟩
Article dans une revue hal-01630474v1
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Formal Methods for Modeling Biological Regulatory Networks

 Adrien Richard , Jean-Paul Comet , Gilles Bernot
Modern Formal Methods and Applications, Springer, pp.83--122, 2006
Chapitre d'ouvrage hal-00342170v1

Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive

 Sébastien Laurent , Adrien Richard , Odile Mulner-Lorillon , Julia Morales , Didier Flament , et al.
Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117⟩
Article dans une revue hal-01079758v1
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Fixing monotone Boolean networks asynchronously

 Julio Aracena , Maximilien Gadouleau , Adrien Richard , Lilian Salinas
Information and Computation, 2020, 274, pp.104540. ⟨10.1016/j.ic.2020.104540⟩
Article dans une revue hal-03054595v1

Complexity of Maximum Fixed Point Problem in Boolean Networks

 Florian Bridoux , Nicolas Durbec , Kévin Perrot , Adrien Richard
Computing with Foresight and Industry, 15th Conference on Computability in Europe, CiE 2019, Jul 2019, Durham, United Kingdom. pp.132-143, ⟨10.1007/978-3-030-22996-2_12⟩
Communication dans un congrès hal-02403974v1

Ateliers de démonstration et de comparaison d'outils de modélisation autour de modèles biologiques communs

 Anastasia Yartseva , Denis Mestivier , Pierre-Yves Boëlle , Adrien Richard , Guillaume Hutzler
Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 2005, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-00340472v1
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Fixed point theorems for Boolean networks expressed in terms of forbidden subnetworks

 Adrien Richard
Theoretical Computer Science, 2015, 583, pp.1-26
Article dans une revue hal-01298012v1
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Maximum number of fixed points in AND–OR–NOT networks

 J Aracena , Adrien Richard , L Salinas
Journal of Computer and System Sciences, 2014, ⟨10.1016/j.jcss.2014.04.025⟩
Article dans une revue hal-01298835v1
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Local negative circuits and fixed points in Boolean networks

 Adrien Richard
Discrete Applied Mathematics, 2011, 159 (11), pp.1085-1093
Article dans une revue hal-01298851v1

Quelques problèmes autour de la modélisation des réseaux de régulation de R. Thomas

 Jean-Paul Comet , Adrien Richard , Gilles Bernot
Exposé à l'ENS Ulm, département informatique, 2005, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00342066v1

R. Thomas' Modeling of Biological Regulatory Networks: introduction of Singular States in the Qualitative Dynamics

 Adrien Richard , Jean-Paul Comet , Gilles Bernot
Fundamenta Informaticae, 2005, 65, pp.373--392
Article dans une revue hal-00342171v1

Boolean models of biosurfactants production in Pseudomonas fluorescens

 Adrien Richard , Gaelle Rossignol , Jean-Paul Comet , Gilles Bernot , Janine Guespin-Michel , et al.
PLoS ONE, 2012, 7 (1), pp.e24651. ⟨10.1371/journal.pone.0024651⟩
Article dans une revue hal-01242399v1

Ateliers de démonstration et de comparaison d'outils de modélisation autour de modèles biologiques communs

 Anastasia Yartseva , Denis Mestivier , Pierre-Yves Boëlle , Adrien Richard , Guillaume Hutzler
Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Montpellier, France, 2005, France
Communication dans un congrès hal-00343069v1

On circuit functionality in Boolean networks

 Jean-Paul Comet , Mathilde Noual , Adrien Richard , J. Aracena , Laurence Calzone , et al.
Bulletin of Mathematical Biology, 2013, 75 (6), pp.906-919. ⟨10.1007/s11538-013-9829-2⟩
Article dans une revue istex hal-01242396v1

Necessary conditions for multistationarity in discrete dynamical systems

 Adrien Richard , Jean-Paul Comet
Discrete Applied Mathematics, 2007, 155 (18), pp.2403-2413
Article dans une revue hal-00415886v1
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Simple dynamics on graphs

 Maximilien Gadouleau , Adrien Richard
Theoretical Computer Science, 2016, 628, pp.62-77. ⟨10.1016/j.tcs.2016.03.013⟩
Article dans une revue hal-01298053v1

Quelques problèmes autour de la modélisation des réseaux de régulation de R. Thomas

 Jean-Paul Comet , Adrien Richard , Gilles Bernot
Exposé à l'ENS Ulm, département informatique, 2005, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00343074v1
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Fixed Points of Boolean Networks, Guessing Graphs, and Coding Theory

 Maximilien Gadouleau , Adrien Richard , Søren Riis
SIAM Journal on Discrete Mathematics, 2015, ⟨10.1137/140988358⟩
Article dans une revue hal-01298045v1
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From kernels in directed graphs to fixed points and negative cycles in Boolean networks

 Adrien Richard , Paul Ruet
Discrete Applied Mathematics, 2013, 161 (7-8), pp.1106-1117. ⟨10.1016/j.dam.2012.10.022⟩
Article dans une revue hal-01298841v1
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On the convergence of Boolean automata networks without negative cycles

 Tarek Melliti , Damien Regnault , Adrien Richard , Sylvain Sené
19th International Workshop on Cellular Automata and Discrete Complex Systems (AUTOMATA 2013), Sep 2013, Gießen, Germany. pp.124--138, ⟨10.1007/978-3-642-40867-0_9⟩
Communication dans un congrès hal-00832885v1
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