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srnaMapper: an optimal mapping tool for sRNA-Seq reads

 Matthias Zytnicki , Christine Gaspin
BMC Bioinformatics, 2022, 23 (1), pp.495. ⟨10.1186/s12859-022-05048-4⟩
Article dans une revue hal-04089717v1
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Combining constraint processing and pattern matching to describe and locate structured motifs in genomic sequences.

 Patricia Thebault , Simon de Givry , Thomas Schiex , Christine Gaspin
Fifth IJCAI-05 Workshop on Modelling and Solving Problems with Constraints, Edindurgh, Scotland, 2005., 2005, Edimbourg, United Kingdom. 8p
Communication dans un congrès hal-00362194v1
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The benefits of long read HiFi sequencing for metagenomic analysis

 Adrien Castinel , Jean Mainguy , Sylvie Combes , Carole Iampietro , Christine Gaspin , et al.
France génomique - VIIème Animation Wetlab et Bioinfo, Nov 2022, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-03896074v1

ASTERICS: A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data

 Élise Maigné , Céline Noirot , Jérôme Mariette , Yaa Adu Kesewaah , Sébastien Déjean , et al.
Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Inria; INRAE, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03697843v1
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Transgenerational epigenetics in quail

 Chloé Cerutti , Sophie Leroux , Paul Terzian , Joanna Lledo , David Gourichon , et al.
ECCB2022 - 21st European Conference on Computational Biology, Sep 2022, Sitges, Spain
Poster de conférence hal-03935584v1
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GeneFarm, structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts

 Sebastien Aubourg , Veronique Brunaud , Clémence Bruyère , J. Mark Cock , Richard Cooke , et al.
Nucleic Acids Research, 2005, 33, pp.D641-D646. ⟨10.1093/nar/gki115⟩
Article dans une revue hal-01189162v1

Staphylococcus aureus RNAIII coordinately represses the synthesis of virulence factors and the transcription regulator Rot by an antisense mechanism.

 Sandrine Boisset , Thomas Geissmann , Eric Huntzinger , Pierre Fechter , Nadia Bendridi , et al.
Genes and Development, 2007, 21 (11), pp.1353-66. ⟨10.1101/gad.423507⟩
Article dans une revue hal-00167517v1

Massive detection of cryptic recessive genetic defects in cattle mining millions of life histories

 Florian Besnard , Ana Guintard , Cécile Grohs , Laurence Guzylack-Piriou , Margarita Cano , et al.
2023
Pré-publication, Document de travail hal-04251455v1

Prediction de structures d'acides ribonucleiques

 Christine Gaspin
24. Journées de statistiques, May 1992, Bruxelles, Belgique
Communication dans un congrès hal-02771957v1
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The Prediction and Validation of Small CDSs Expand the Gene Repertoire of the Smallest Known Eukaryotic Genomes

 Abdel Belkorchia , Cyrielle Gasc , Valérie Polonais , Nicolas Parisot , Nicolas Gallois , et al.
PLoS ONE, 2015, 10 (9), pp.1-12. ⟨10.1371/journal.pone.0139075⟩
Article dans une revue hal-01247479v1

RNAspace

 Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Benjamin Grenier-Boley , et al.
2010
Logiciel hal-02819286v1

A current overview of regulatory RNAs in Staphylococcus aureus

 Isabelle Caldelari , Pierre Fechter , Efthimia Lioliou , Cédric Romilly , Clément Chevalier , et al.
Regulatory RNAs in prokaryotes, Springer, 258 p., 2011, 978-3-7091-0217-6. ⟨10.1007/978-3-7091-0218-3_3⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02809181v1
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Bounds arc consistency for weighted CSPs

 Matthias Zytnicki , Christine Gaspin , Simon de Givry , Thomas Schiex
Journal of Artificial Intelligence Research, 2009, 35, pp.593-621. ⟨10.1613/jair.2797⟩
Article dans une revue hal-02668467v1
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Ingredients for in silico miRNA identification and annotation

 Christine Gaspin , Olivier Rué , Matthias Zytnicki
JSM Biotechnology and Biomedical Engineering, 2016, 3 (5), pp.1-5
Article dans une revue hal-01607400v1

metagWGS : a workflow to analyse short or long HiFi metagenomic reads

 Joanna Fourquet , Maïna Vienne , Jean Mainguy , Vincent Darbot , Pierre Martin , et al.
Bioinfo Biosta Genotoul day, Dec 2022, Castanet Tolosan, France
Communication dans un congrès hal-03944382v1
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Structural variants detection and de novo genome assembly of a maize line

 Carole Iampietro , Camille Eché , Clément Birbes , Arnaud Di Franco , Andreea Dréau , et al.
Plant & Animal Genome Conference (PAG) 2022, Jan 2022, San Diego, United States
Poster de conférence hal-03541379v1
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Phylodynamic Study of the Conserved RNA Structure Encompassing the Hemagglutinin Cleavage Site Encoding Region of H5 and H7 Low Pathogenic Avian Influenza Viruses

 Gabriel Dupré , Claire Hoede , Thomas Figueroa , Pierre Bessière , Stéphane Bertagnoli , et al.
Virus Evolution, 2021, 7 (2), pp. 1-16. ⟨10.1093/ve/veab093⟩
Article dans une revue hal-03440020v1
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Structural and Functional Partitioning of Bread Wheat Chromosome 3B

 Frédéric Choulet , Adriana A. Alberti , Sébastien Theil , Natasha Marie Glover , Valérie Barbe , et al.
Science, 2014, 345 (6194), ⟨10.1126/science.1249721⟩
Article dans une revue hal-02638189v1
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A reference sequence of wheat chromosome 3B

 Frédéric Choulet , Adriana A. Alberti , Sébastien Theil , Natasha Marie Glover , Valérie Barbe , et al.
22. Conference on Plant and Animal Genome, Jan 2014, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02742303v1
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An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics

 Joëlle Amselem , Nicolas Francillonne , Célia Michotey , Thomas Letellier , Jean-Marc Aury , et al.
PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides
Communication dans un congrès hal-01839185v1
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Cartography of methicillin-resistant S. aureus transcripts: detection, orientation and temporal expression during growth phase and stress conditions.

 Marie Beaume , David Hernandez , Laurent Farinelli , Cécile Deluen , Patrick Linder , et al.
PLoS ONE, 2010, 5 (5), pp.e10725. ⟨10.1371/journal.pone.0010725⟩
Article dans une revue hal-00526375v1

The Cm56 tRNA modification in archaea is catalyzed either by a specific 2'-O-methylase, or a C/D sRNP.

 Mh Renalier , N. Joseph , Christine Gaspin , Patricia Thebault , A. Mougin
RNA, 2005, 22 (17), pp.1051-63
Article dans une revue hal-00355513v1

Prédiction de structures secondaires d'ARN approche connexionniste

 Christine Gaspin
Séminaire "Informatique et Genome" "Environnements de résolution de problèmes", Jan 1992, Grenoble, France
Communication dans un congrès hal-02773204v1
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mmannot: How to improve small–RNA annotation?

 Matthias Zytnicki , Christine Gaspin
PLoS ONE, 2020, 15 (5), ⟨10.1371/journal.pone.0231738⟩
Article dans une revue hal-03182914v1

Des homologues archaebactériens pour les snoARN antisens à boites C/D

 Christine Gaspin , J. Cavaille , J.P. Bachellerie
3. Rencontre Société Française des ARN, Jan 2000, Toulouse, France. 1 p., 2000
Proceedings/Recueil des communications hal-02839204v1

Lazy arc consistency

 Thomas Schiex , J.C. Régin , Christine Gaspin , G. Verfaillie
National American Conference on Artificial Intelligent, 1996, Portland, United States
Communication dans un congrès hal-02771457v1

Archaeal homologs of eukaryotic methylation guide small nucleolar RNAs: lessons from the Pyrococcus genomes

 Christine Gaspin , J. Cavaille , G. Erauso , J.P. Bachellerie
Journal of Molecular Biology, 2000, 297, pp.895-906
Article dans une revue hal-02692057v1
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ESSA: an integrated and interactive computer tool for analysing RNA secondary structure

 Farid Chetouani , Pascal P. Monestiez , P. Thebault , Christine Gaspin , B. Michot
Nucleic Acids Research, 1997, 25 (17), pp.3514-3522
Article dans une revue hal-02686478v1
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De novo assembling 19 maize inbred lines of the European germplasm

 Carole Iampietro , Camille Eché , Clement Birbes , Andreea Dreau , Erwan Denis , et al.
63rd Annual Maize Genetics Meeting, Mar 2021, virtuel, United States
Poster de conférence hal-03539396v1
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ASTERICS: A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data

 Élise Maigné , Céline Noirot , Jérôme J. Mariette , Yaa Adu Kesewaah , Sébastien Dejean , et al.
ECCB: 21st European Conference on Computational Biology, Sep 2022, Sitges, Spain. , 2022, ⟨10.7490/f1000research.1119290.1⟩
Poster de conférence hal-03890660v1
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