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Combining constraint processing and pattern matching to describe and locate structured motifs in genomic sequences.

 Patricia Thebault , Simon de Givry , Thomas Schiex , Christine Gaspin
Fifth IJCAI-05 Workshop on Modelling and Solving Problems with Constraints, Edindurgh, Scotland, 2005., 2005, Edimbourg, United Kingdom. 8p
Communication dans un congrès hal-00362194v1
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srnaMapper: an optimal mapping tool for sRNA-Seq reads

 Matthias Zytnicki , Christine Gaspin
BMC Bioinformatics, 2022, 23 (1), pp.495. ⟨10.1186/s12859-022-05048-4⟩
Article dans une revue hal-04089717v1
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The benefits of long read HiFi sequencing for metagenomic analysis

 Adrien Castinel , Jean Mainguy , Sylvie Combes , Carole Iampietro , Christine Gaspin , et al.
France génomique - VIIème Animation Wetlab et Bioinfo, Nov 2022, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-03896074v1

ASTERICS: A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data

 Élise Maigné , Céline Noirot , Jérôme Mariette , Yaa Adu Kesewaah , Sébastien Déjean , et al.
Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Inria; INRAE, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03697843v1
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Transgenerational epigenetics in quail

 Chloé Cerutti , Sophie Leroux , Paul Terzian , Joanna Lledo , David Gourichon , et al.
ECCB2022 - 21st European Conference on Computational Biology, Sep 2022, Sitges, Spain
Poster de conférence hal-03935584v1

Massive detection of cryptic recessive genetic defects in cattle mining millions of life histories

 Florian Besnard , Ana Guintard , Cécile Grohs , Laurence Guzylack-Piriou , Margarita Cano , et al.
2023
Pré-publication, Document de travail hal-04251455v1

Staphylococcus aureus RNAIII coordinately represses the synthesis of virulence factors and the transcription regulator Rot by an antisense mechanism.

 Sandrine Boisset , Thomas Geissmann , Eric Huntzinger , Pierre Fechter , Nadia Bendridi , et al.
Genes and Development, 2007, 21 (11), pp.1353-66. ⟨10.1101/gad.423507⟩
Article dans une revue hal-00167517v1
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GeneFarm, structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts

 Sebastien Aubourg , Veronique Brunaud , Clémence Bruyère , J. Mark Cock , Richard Cooke , et al.
Nucleic Acids Research, 2005, 33, pp.D641-D646. ⟨10.1093/nar/gki115⟩
Article dans une revue hal-01189162v1

The Cm56 tRNA modification in archaea is catalyzed either by a specific 2'-O-methylase, or a C/D sRNP.

 Mh Renalier , N. Joseph , Christine Gaspin , Patricia Thebault , A. Mougin
RNA, 2005, 22 (17), pp.1051-63
Article dans une revue hal-00355513v1

Prédiction de structures secondaires d'ARN approche connexionniste

 Christine Gaspin
Séminaire "Informatique et Genome" "Environnements de résolution de problèmes", Jan 1992, Grenoble, France
Communication dans un congrès hal-02773204v1
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mmannot: How to improve small–RNA annotation?

 Matthias Zytnicki , Christine Gaspin
PLoS ONE, 2020, 15 (5), ⟨10.1371/journal.pone.0231738⟩
Article dans une revue hal-03182914v1

Des homologues archaebactériens pour les snoARN antisens à boites C/D

 Christine Gaspin , J. Cavaille , J.P. Bachellerie
3. Rencontre Société Française des ARN, Jan 2000, Toulouse, France. 1 p., 2000
Proceedings/Recueil des communications hal-02839204v1

Lazy arc consistency

 Thomas Schiex , J.C. Régin , Christine Gaspin , G. Verfaillie
National American Conference on Artificial Intelligent, 1996, Portland, United States
Communication dans un congrès hal-02771457v1

Archaeal homologs of eukaryotic methylation guide small nucleolar RNAs: lessons from the Pyrococcus genomes

 Christine Gaspin , J. Cavaille , G. Erauso , J.P. Bachellerie
Journal of Molecular Biology, 2000, 297, pp.895-906
Article dans une revue hal-02692057v1
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ESSA: an integrated and interactive computer tool for analysing RNA secondary structure

 Farid Chetouani , Pascal P. Monestiez , P. Thebault , Christine Gaspin , B. Michot
Nucleic Acids Research, 1997, 25 (17), pp.3514-3522
Article dans une revue hal-02686478v1
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De novo assembling 19 maize inbred lines of the European germplasm

 Carole Iampietro , Camille Eché , Clement Birbes , Andreea Dreau , Erwan Denis , et al.
63rd Annual Maize Genetics Meeting, Mar 2021, virtuel, United States
Poster de conférence hal-03539396v1
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ASTERICS: A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data

 Élise Maigné , Céline Noirot , Jérôme J. Mariette , Yaa Adu Kesewaah , Sébastien Dejean , et al.
ECCB: 21st European Conference on Computational Biology, Sep 2022, Sitges, Spain. , 2022, ⟨10.7490/f1000research.1119290.1⟩
Poster de conférence hal-03890660v1
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Oak genome reveals facets of long lifespan

 Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joelle Amselem , Thibault Leroy , Florent Murat , et al.
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
Article dans une revue hal-01820559v1
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IFB/ELIXIR-FR, the french node of ELIXIR

 Anne-Françoise Adam-Blondon , Jacques van Helden , Gildas Le Corguillé , Christophe Blanchet , Hélène Chiapello , et al.
ISMB ECCB 2023, International Society for Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04503051v1
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Improvement of the Bos taurus Genome Assembly using New Sequencing Technologies

 Camille Eché , Carole Iampietro , Clement Birbes , Andreea Dreau , Claire Kuchly , et al.
Discoveries Roadshow 2023 - PacBio, PacBio, May 2023, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04096124v1
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ASTERICS: A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data

 Élise Maigné , Céline Noirot , Jérôme J. Mariette , Yaa Adu Kesewaah , Sébastien Dejean , et al.
Journée Régional Bioinfo/Biostat, Dec 2022, Toulouse, France
Poster de conférence hal-03882998v1
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A Long Read project to find optimal technologic combinations for genome assembly and variability, epigenetic marks detection and metagenomic analysis

 Carole Iampietro , Camille Eché , Adrien Castinel , Rémy-Félix Serre , Christophe C. Klopp , et al.
PAG XXVIII, Plant and Animal Genome, Jan 2020, San Diego, United States. 2020
Poster de conférence hal-02947690v1

Translation machinery of mollicutes: economy is possible for proteins, not much for RNAs

 Christine Gaspin , Henri Grosjean , Pascal Sirand-Pugnet , Christian Marck , Alain Blanchard , et al.
Ribosome Structure and Function 2016, Jul 2016, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-02196139v1

Identification d’ARN non codants

 Christine Gaspin , Patricia Thébault
Biofutur, 2005, 251, pp.33-36
Article dans une revue hal-02670095v1
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Multiple Origins and Specific Evolution of CRISPR/Cas9 Systems in Minimal Bacteria (Mollicutes)

 Thomas Ipoutcha , Iason Tsarmpopoulos , Vincent Talenton , Christine Gaspin , Annick Moisan , et al.
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.2701. ⟨10.3389/fmicb.2019.02701⟩
Article dans une revue hal-02373435v1

CARTHAGENE : Constructing and joining maximum likelihood genetic maps

 Thomas Schiex , Christine Gaspin
Intelligent Systems in Molecular Biology, Jun 1997, Halkidiki, Greece
Communication dans un congrès hal-02765754v1

Jflow: a workflow management system for web applications

 Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Philippe Bardou , Ibouniyamine Ibrahime , Céline Noirot , et al.
Bioinformatics, 2016, 32 (3), pp.456-458. ⟨10.1093/bioinformatics/btv589⟩
Article dans une revue hal-02631131v1
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rnaspace.org - a web application for noncoding RNA identification

 Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Daniel Gautheret , et al.
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. 2010
Poster de conférence hal-02819250v1

The determination of the secondary structures of RNA as a constraint satisfaction problem

 Christine Gaspin , Eric Westhof
Advances in Molecular Bioinformatics, SCHULZE -KREMER S., 268 p., 1994, 978-9051991727
Chapitre d'ouvrage hal-02845340v1
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Unraveling the evolution and coevolution of small regulatory RNAs and coding genes in Listeria

 Franck Cerutti , Ludovic Mallet , Anaïs Painset , Claire Hoede , Annick Moisan , et al.
BMC Genomics, 2017, 18 (1), pp.882. ⟨10.1186/s12864-017-4242-0⟩
Article dans une revue pasteur-01740259v1
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