Recherche - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu

Filtrer vos résultats

83 résultats
Page :
triés par
Image document

Genomic Species Are Ecological Species as Revealed by Comparative Genomics in Agrobacterium tumefaciens

 Florent Lassalle , Tony Campillo , Ludovic Vial , Jessica Baude , Denis Costechareyre , et al.
Genome Biology and Evolution, 2011, 3 (3), pp.762-781. ⟨10.1093/gbe/evr070⟩
Article dans une revue halsde-00723400v1
Image document

Relative time constraints improve molecular dating

 Gergely J Szöllősi , Sebastian Höhna , Tom A Williams , Dominik Schrempf , Vincent Daubin , et al.
2021
Pré-publication, Document de travail hal-03070561v1
Image document

Horizontal Gene Transfer and the History of Life

 Vincent Daubin , Gergely Szöllősi
Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 2016, 8 (4), pp.1312 - 1319. ⟨10.1101/cshperspect.a018036⟩
Article dans une revue hal-01913857v1
Image document

Phylogenetic reconciliation

 Hugo Menet , Vincent Daubin , Eric Tannier
PLoS Computational Biology, 2022, 18 (11), pp.e1010621. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010621⟩
Article dans une revue hal-03258402v2

Evolutionary origins of genomic repertoires in bacteria

 E. Lerat , Vincent Daubin , H. Ochman , N.A. Moran
PLoS Biology, 2005, 3, pp.0807-0814
Article dans une revue hal-00427770v1

A phylogenomic approach to bacterial phylogeny: evidence of a core of genes sharing a common history

 Vincent Daubin , Manolo Gouy , G. Perrière
Genome Research, 2002, 12, pp.1080-1090. ⟨10.1101/gr.187002⟩
Article dans une revue hal-00427259v1

Dual control of host actin polymerization by a Legionella effector pair

 M. Pillon , C. Michard , N. Baïlo , J. Bougnon , K. Picq , et al.
2023
Pré-publication, Document de travail hal-04255253v1

Global trends of whole-genome duplications revealed by the ciliate Paramecium tetraurelia.

 Jean-Marc Aury , Olivier Jaillon , L. Duret , Benjamin Noel , Claire Jubin , et al.
Nature, 2006, 444 (7116), pp.171-8. ⟨10.1038/nature05230⟩
Article dans une revue hal-00132091v1

Phylogenetics and the cohesion of bacterial genomes

 Vincent Daubin , N.A. Moran , H. Ochman
Science, 2003, 301, pp.829-832
Article dans une revue hal-00427390v1

Examining bacterial species under the specter of gene transfer and exchange

 H. Ochman , E. Lerat , Vincent Daubin
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2005, 102, pp.6595-6599
Article dans une revue hal-00427799v1
Image document

Genome Evolution: Mutation Is the Main Driver of Genome Size in Prokaryotes

 Gabriel A.B. Marais , Bérénice Batut , Vincent Daubin
Current Biology - CB, 2020, 30 (19), pp.R1083-R1085. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.093⟩
Article dans une revue hal-03066151v1

Evolution of Prokaryotic Pangenomes

 Florent Lassalle , Vincent Daubin
Horizontal Gene Transfer in Microorganisms, Caister Academic Press, pp.23-32, 2012, 978-1-908230-10-2
Chapitre d'ouvrage hal-02567150v1
Image document

MaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers

 Cédric Chauve , Akbar A Rafiey , Adrian A Davin , Celine Scornavacca , Philippe Veber , et al.
2017, ⟨10.1101/127548⟩
Autre publication scientifique hal-01532738v3
Image document

Thirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation

 Simon Penel , Hugo Menet , Théo Tricou , Vincent Daubin , Eric Tannier
Bioinformatics, 2022, 38 (8), pp.2350-2352. ⟨10.1093/bioinformatics/btac062⟩
Article dans une revue hal-03563666v1

Genome characteristics of facultatively symbiotic Frankia sp. strains reflect host range and host plant biogeography

 Philippe Normand , Pascal Lapierre , Louis S. Tisa , Johann Peter Gogarten , Nicole Alloisio , et al.
Genome Research, 2007, 17, pp.7-15. ⟨10.1101/gr.5798407⟩
Article dans une revue halsde-00140365v1

Dealing with incongruence in phylogenomic analyses

 N. Galtier , Vincent Daubin
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2008, --, pp.1233-1241
Article dans une revue hal-00428227v1
Image document

Gene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated

 Mathieu Groussin , Bastien Boussau , Gergely J Szollosi , Laura Eme , Manolo Gouy , et al.
Molecular Biology and Evolution, 2016, 33 (2), pp.305 - 310. ⟨10.1093/molbev/msv249⟩
Article dans une revue hal-01913926v1
Image document

Tracing Human Ancestral Migrations Using Symbiotic Bacteria

 Alexia Nguyen Trung , Bastien Boussau , Vincent Daubin
Groupe des Méthodes Pluridisciplinaires Contribuant à l'Archéologie (GMPCA), May 2019, Montreal, Canada
Communication dans un congrès hal-03068231v1

Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies

 Sèverine Bérard , Coralie Gallien , Bastien Boussau , Gergely J Szöllosi , Vincent Daubin , et al.
Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.i382-i388. ⟨10.1093/bioinformatics/bts374⟩
Article dans une revue hal-00733178v1

Tpms: a Tree Pattern-matching Utility for Querying Gene Trees Collections

 Thomas Bigot , Vincent Daubin , G. Perrière
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2011, Paris, France. pp.111-112
Communication dans un congrès hal-02069428v1
Image document

GC-Content evolution in bacterial genomes: The biased gene conversion hypothesis expands

 Florent Lassalle , Séverine Périan , Thomas Bataillon , Xavier Nesme , L. Duret , et al.
PLoS Genetics, 2015, 11 (2), pp.1-20. ⟨10.1371/journal.pgen.1004941⟩
Article dans une revue hal-01198362v1
Image document

Ecological networks to unravel the routes to horizontal transposon transfers

 Samuel Venner , Vincent Miele , Christophe Terzian , Christian Biemont , Vincent Daubin , et al.
PLoS Biology, 2017, 15 (2), ⟨10.1371/journal.pbio.2001536⟩
Article dans une revue hal-01608245v1
Image document

Lateral gene transfer as a support for the tree of life.

 Sophie S Abby , Eric Tannier , Manolo Gouy , Vincent Daubin
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (13), pp.4962-4967. ⟨10.1073/pnas.1116871109⟩
Article dans une revue hal-00752055v1

A Bayesian Method for Analyzing Lateral Gene Transfer

 Joel Sjöstrand , Ali Tofigh , Vincent Daubin , Lars Arvestad , Bengt Sennblad , et al.
Systematic Biology, 2014, 63 (3), pp.409 - 420. ⟨10.1093/sysbio/syu007⟩
Article dans une revue hal-01913945v1

Quartet mapping and the extent of lateral transfer in bacterial genomes

 Vincent Daubin , H. Ochman
Molecular Biology and Evolution, 2004, 21, pp.86-89
Article dans une revue hal-00427567v1

Start-up entities in the origin of new genes

 Vincent Daubin , H. Ochman
Current Opinion in Genetics and Development, 2004, 14, pp.616-619
Article dans une revue hal-00427566v1

Comparative genomics and the evolution of prokaryotes

 Sophie S. Abby , Vincent Daubin
Trends in Microbiology, 2007, 15, pp.135-141
Article dans une revue hal-00434649v1
Image document

Databases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics

 Simon Penel , Anne-Muriel Arigon Chifolleau , Jean-François Dufayard , Anne-Sophie Sertier , Vincent Daubin , et al.
BMC Bioinformatics, 2009, 10 (Suppl.6) :S3, pp.13. ⟨10.1186/1471-2105-10-S6-S3⟩
Article dans une revue lirmm-00400099v1

Biodiversité, évolution et fonctionnement des écosystèmes

 Isabelle Arzul , Salvador Bailon , David Bass , Pierre Boudry , Philippe Béarez , et al.
Crochet P.-A.; Rasplus J.-Y.; Selosse M.-A. Les Cahiers des prospectives, hors série, cnrs, pp.25-33., 2017, Les Cahiers des prospectives
Chapitre d'ouvrage halshs-03847162v1
Image document

The crisis of the scientific mind : an investigation, a tragedy and a collective redistribution of roles

 Eric Tannier , Vincent Daubin , Sophie Quinton
Les Cahiers de Framespa : e-Storia, 2022, 40, ⟨10.4000/framespa.13150⟩
Article dans une revue hal-03714886v1
Page :