Ménigot Sébastien

Je suis né en France en 1985. J'ai reçu mon master en technologies de l'imagerie médicale à l'université de Tours (France) en 2008. J'ai reçu mon doctorat en traitement du signal pour l'imagerie médicale ultrasonore à l'université de Tours (France) en 2011. **Depuis septembre 2018, je suis enseignant-chercheur à l'[ESEO](https://www.eseo.fr/), sur le campus d'Angers. Je suis également chercheur au [LAUM](http://laum.univ-lemans.fr/) (UMR-CNRS 6613, Université du Maine, Le Mans, France).** ### Recherches Mes domaines de recherche sont le traitement du signal appliqué au monitorage biomédicale et à l'imagerie ultrasonore (détection, modélisation, optimisation, formation de faisceau, reconstruction d'image, design de la forme d'onde). A ce titre, j'ai développé le concept de commande optimale pour l'imagerie ultrasonore : - le design automatique de la forme d'onde par commande optimal déterministe et stochastique appliquée aux systèmes d'imagerie ultrasonore ; - le développement de méthodes d'imagerie adaptées aux transducteurs capacitifs micro-usinés (CMUT) ; - la modélisation et l'identification de systèmes nonlinéaires avec des applications comme les produits de contraste ultrasonore générant des sous et ultra-harmoniques ; - l'estimation et la détection Doppler appliquée à la détection de micro-emboles pour la prévention des accidents vasculaires cérébraux. Avant d'intégrer l'ESEO et le LAUM, mes activités se sont déroulés au sein des laboratoires [Imagerie et cerveau](http://www.u930.tours.inserm.fr/equipes/axe-6-signal-et-imagerie-354276.kjsp) de 2008 à 2017, puis [Greman](http://greman.univ-tours.fr/) de 2017 à 2018. Enfin, je suis aussi membre de [IEEE](http://www.ieee.org) et membre du conseil scientifique du [GIS ECND PdL](https://ecnd-pdl.fr/). ### Enseignements **Je suis le responsable du cursus ingénieur par apprentissage à l'ESEO sur le campus d'Angers, depuis 2021.** J'y enseigne aussi le traitement numérique du signal et de l'image, le développement d'objets connectés pour des élèves ingénieurs de l'ESEO en apprentissage ou en formation initiale. Auparavant j'étais attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER) en électronique et informatique à l'[IUT de Ville d'Avray](http://www.cva.u-paris10.fr/), Université Paris-X (France) entre 2012 et 2014. J'ai également enseigné l'informatique et les systèmes embarqués dans le département électronique et énergie de l'école d'ingénieur [Polytech Tours](http://polytech.univ-tours.fr/) de 2014 à 2018. J'était aussi correspondant du [cycle préparatoire Peip](http://polytech.univ-tours.fr/admissions/) (de 2015 à 2018) et de la communication (de 2016 à 2018) pour le département électronique et énergie. ### Compétences | |Formation et intérêts personnels | Intérêts en enseignement | Intérêts en recherche | | -------- | -------- | -------- | -------- | | Instrumentation et système embarqué | – Electronique analogique &amp; instrumentation (amplification, filtre analogique, conversion analogique-numérique et numérique-analogique) <br/> – Programmation de microcontrôleur Atmel– Electricité et fonctions électroniques de base (AOP, filtrage) | – Projet de générateur de fonction carré et triangulaire <br/> – Echantillonnage sous GNU/Linux temps-réel <br/> – Système d'exploitation et Linux embarqué, FreeRTOS <br/> – Transmission vidéo par FPGA Altera <br/> – Microcontroleur Atmel et STM32 <br/> – Projet d'émetteur-récepteur AM <br/> – Réseau LoRa | **– Pilotage de l'instrumentation**| | | | | | |Génie biomédical| – Imagerie médicale <br/> – Conception d'un [podomètre pour Firefox OS](http://sebastien.menigot.free.fr/index.php?option=com_content&view=article&id=93:pedometer-in-html5-&catid=46:web-application-for-firefox-os&Itemid=82) (HTML5/CSS3, Javascript) | – Système d'information médical <br/> – Projet : oxymètre de pouls <br/> – Projet : phonocardiographe numérique <br/> – Projet : visualiseur d'images médicales | – **Projet : segmentation de l'endomètre** <br/> – Estimation temps-réelle du rythme cardiaque fœtal <br/> **– Imagerie ultrasonore** <br/> – Detection de microemboles <br/> **– Machine learning pour l'aide à la procréation médicale assistée**| | | | | | | Informatique et développement logiciel | – Programmation orientée objet: C++, UML, Java <br/> Conception d'un logiciel d'analyse d'images radiographiques : interface wxWidgets et bibliothèque de traitements d'images OpenCV <br/> **– Serveur Web** | – Algorithmique, langage C et Python <br/> – Programmation concurrente <br/> –Base de données et modèle de conception | – **Matlab et optimisation par code en C, calcul parallèle (OpenMP)** <br/> – Management de projets pour la conception d'interfaces pour l'analyse des signaux Doppler: plates-formes C et web | | | | | | | Acoustique, imagerie ultrasonore, contrôle non destructif (CND) et contrôle de santé de structure (SHM)| – Mécanique des milieux continus, l'acoustique non linéaire <br/> – Capteurs de courant, de déplacement, de force, de flux et de pression | **– Formation de faisceau ultrasonore** <br/> – Projet de thermomètre – Projet de table tactile utilisant les vibrations | **– Système d'imagerie ultrasonore** <br/> **– Simulation numérique de la propagation non-linéaire ultrasonore dans les milieux mous et les milieux solides** <br/> – Transducteurs micro-usinés : mesures nano-metriques par interférométrie laser <br/> – Pilotage des échographes MultiX (M2M) et Vantage (Verasonics) | | | | | | |Traitement du signal | – Filtre linéaire, modélisation paramétrique et théorie de l'information <br/> – Modulation <br/> – Compression | **– Traitement numérique du signal et filtrage numérique** <br/> – Calcul numérique : optimisation, calcul intégral, équation différentiel, applications à l'électronique et génie électrique (exemple : placement automatique de composants sur un PCB) <br/> – Multiplexage, code en ligne | – **Identification et modélisation non-linéaire,** filtre de Wiener, filtrage adapté, filtre de Kalman et réduction du bruit, modèle d'Hammerstein, modèle de Volterra <br/> – Détection par seuillage adaptatif <br/> – Classification supervisée, non-supervisée <br/> – **Machine Learning et deep learning (Python/TensorFlow/Keras)** <br/> – **Optimisation et algorithme génétique** <br/> – Modulation numérique <br/> – Détection et correction d'erreur (turbocode)| | | | | | | Traitement d'images| – Filtrage, compression image et video <br/> – Recalage d'image <br/> – Analyse de la textures et analyse fractale | – **Traitement numérique de l'image : filtrage et segmentation** <br/> – Compression JPEG <br/> – Tatouage | – Déconvolution aveugle et régularisation <br/> – Segmentation par contours actifs et évalution supervisée et non-supervisée <br/> – Réduction des inhomogénéités des images IRM par champs de Markov <br/> – Recalage d'images IRM de cerveau de brebis | ### Sources de programmes et logiciels - <http://www.runmycode.org/coder/view/2395> - <https://github.com/smenigot> ### Loisirs [Astronomie et astrophotographie](http://www.instagram.com/sebastro19/)

I was born in France in 1985. I received my master's degree in medical imaging technology from the University of Tours (France) in 2008. I obtained my Ph.D. degree in medical ultrasound imaging from the University of Tours in 2011. **From september 2018, I am an associate professor at [ESEO](https://www.eseo.fr/), Angers (France). I am also a researcher at [LAUM](http://laum.univ-lemans.fr) (UMR-CNRS 6613, Université du Maine, Le Mans, France).** ### Research My research interests are in signal processing applied to biomedical monitoring and ultrasound imaging (detection, modeling, optimization, beamforming, image reconstruction, waveform design). As such, I developed the optimal control concept for ultrasound imaging : - automatic waveform design by deterministic and stochastic optimal command applied to ultrasound imaging system; - development of imaging method adjusted to capacitive micromachined transducers (CMUT) ; - nonlinear modelling and identification, e.g. applied to sub-ultra-harmonics generated by ultrasound contrast agents ; - Doppler detectors and estimators applied to microemboli detection for stroke prevention. Before my integration in ESEO and LAUM, my researches have been done in the lab [Imaging and brain](http://www.u930.tours.inserm.fr/equipes/axe-6-signal-et-imagerie-354276.kjsp) from 2008 to 2017 and in the lab [Greman](http://greman.univ-tours.fr/) from 2017 to 2018. Finally, I am also a member of the [IEEE](http://www.ieee.org) and member of the scientific council of [GIS ECND PdL](https://ecnd-pdl.fr/). ### Teaching **I am in charge of the apprenticeship program for engineers in ESEO, Angers (from 2021)**. I also teach digital signal processing, image processing and development of connected objects, for postgraduate students. Previously, I was an assistant professor in electronics and computer science at the [Institut of Technology of Ville d'Avray](http://www.cva.u-paris10.fr/), Université Paris Nanterre (France) between 2012 and 2014. I also taught computer science and embedded system in the electronics department of the engineering school [Polytech Tours](http://polytech.univ-tours.fr/) from 2014 to 2018. I was also the correspondent of the [intensive foundation degree Peip](http://polytech.univ-tours.fr/admissions/) department (from 2015 to 2018) and communication (from 2016 to 2018) for the electronics department . ### Skills | |Training &amp; Personal Interest|Teaching Interest|Research Interest| | -------- | -------- | -------- | -------- | |Instrmentation &amp; Embedded System| – Analog Electronics &amp; Instrumentation (amplification, analog filtering, analog-digital and digital-analog converter) <br/> – Programming Atmel microcontroller | – Electricity and Basis functions of electronics (opamp, filtering) <br/> – Project of function generator <br/> – Digital sampling with real-time GNU/Linux <br/> – Operating system and embedded Linux, FreeRTOS <br/> – Microcontroller Atmel and STM32 <br/> – Video Transmission by FPGA Altera <br/> – Project of transceiver AM <br/> – LoRa Network |– **Control instrumentation** | | | | | | Biomedical Engineering|– Medical imaging <br/> – Designing a [pedometer for Firefox OS](http://sebastien.menigot.free.fr/index.php?option=com_content&view=article&id=93:pedometer-in-html5-&catid=46:web-application-for-firefox-os&Itemid=82) (HTML5/CSS3, Javascript) |– Medical information system <br/> – Project : oxymeter <br/> – Project : digital phonocardiograph <br/> – Project : medical image viewer <br/> – **Project : segmentation of endometrium** | – Real-time estimation of fetal heart rate <br/> – **Ultrasound imaging** <br/> – Detection of microemboli <br/> – **Machine learning for assistance in medically assisted reproduction**| | | | | | |Information technology and Software Development|– Object-oriented programming: C++, UML, Java <br/> – Designing a software of analysis of radiographic images: wxWidgets interface and OpenCV Image Processing Library <br/> – ** Web server** | – Algorithms, C language and Python – Concurrent computing <br/> – Database and design pattern | – **Matlab and C code optimization, Parallel Computing (OpenMP)** <br/> – Management of the designing interfaces for the analysis of Doppler signals: C and web platforms | | | | | | | Acoustics, ultrasound imaging, nondestructive testing (NDT) and structure health monitoring (SHM) | – Continuum mechanics, nonlinear acoustics <br/> – Current, displacement, strain, flow and pressure sensors | **– Ultrasound beamforming** <br/> – Project of thermometer <br/> – Project of touch pad using vibrations | **– Ultrasound imaging system** <br/> **– Numerical simulation of ultrasound propagation in soft and solid materials** <br/> – Transducers micromachined: nano-metric measurement by laser interferometry <br/> – Ultrasound scanner control : MultiX (M2M) and Vantage (Verasonics) | | | | | | | Signal Processing | – Linear filtering, parametric modelling, information theory – Modulation, compression | – **Digital signal processing and digital filtering** <br/> – Numerical calculation: optimization, integral calculus, differential equation, applications to electronics and electrical engineering (example: automatic position of components on a PCB) <br/> – Multiplexing, line code | **– Identification and nonlinear modeling**, Wiener filter, matched filtering, Kalman filter and noise reduction <br/> – Detection by adaptive thresholding <br/> – Supervised and unsupervised classifications <br/> – **Machine Learning et deep learning (Python/TensorFlow/Keras)**<br/> – **Optimization and genetic algorithm** <br/> – Digital modulation <br/> – Error detection and correction: turbocode | | | | | | |Image Processing | – Filtering, image compression and video<br/> – Image registration <br/> – Analysis of textures and fractal analysis | – **Digital image processing : filtering and segmentation** <br/> – JPEG Compression <br/> – Watermaking | – Blind deconvolution, regularization <br/> – Segmentation by active contour and supervised and unsupervised assessments | ### Sources of programs and softwares - <http://www.runmycode.org/coder/view/2395> - <https://github.com/smenigot> ### Hobbies [Astronomy and astrophotography](http://www.instagram.com/sebastro19/)