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CAARS: comparative assembly and annotation of RNA-Seq data

 Carine Rey , Philippe Veber , Bastien Boussau , Marie Sémon
Bioinformatics, 2019, 35 (13), pp.2199-2207. ⟨10.1093/bioinformatics/bty903⟩
Article dans une revue hal-02330682v1
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Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models

 Anne Siegel , Carito Guziolowski , Philippe Veber , Ovidiu Radulescu , Michel Le Borgne
6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07, Jul 2007, Zurich, Switzerland
Communication dans un congrès inria-00178854v1
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Path-equivalent developments in acyclic weighted automata

 Mathieu Giraud , Philippe Veber , Dominique Lavenier
International Journal of Foundations of Computer Science, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩
Article dans une revue inria-00271646v1

Inferring the role of transcription factors in regulatory networks

 Philippe Veber , Carito Guziolowski , Michel Le Borgne , Ovidiu Radulescu , Anne Siegel
BMC Bioinformatics, 2008, 9, ⟨10.1186/1471-2105-9-228⟩
Article dans une revue inria-00330578v1

Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology

 Nicola Yanev , Rumen Andonov , Philippe Veber , Stefan Balev
Computers & Mathematics with Applications, 2008, 55 (Issue 5 (March 2008)), pp.1054-1067. ⟨10.1016/j.camwa.2006.12.103⟩
Article dans une revue inria-00335126v1
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Bayesian investigation of SARS-CoV-2-related mortality in France

 Louis Duchemin , Philippe Veber , Bastien Boussau
Peer Community Journal, 2022, 2 (e6), ⟨10.1101/2020.06.09.20126862⟩
Article dans une revue hal-03033754v2

Detecting adaptive convergent amino acid evolution

 Carine Rey , Vincent Lanore , Philippe Veber , Laurent Guéguen , Nicolas Lartillot , et al.
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1777), pp.1-11. ⟨10.1098/rstb.2018.0234⟩
Article dans une revue hal-02330676v1
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BioNLP Shared Task 2011 - Bacteria Gene Interactions and Renaming

 Julien Jourde , Alain-Pierre Manine , Philippe Veber , Karen Fort , Robert Bossy , et al.
BioNLP Shared Task 2011 ACL Workshop, Jun 2011, Portland, United States. pp.65-73
Communication dans un congrès hal-00641586v1

Robust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests

 Marie Laure Delignette-Muller , P. Ruiz , P. Veber
Environmental Science and Technology, 2017, 51, pp.4038-4045. ⟨10.1021/acs.est.6b05326⟩
Article dans une revue hal-02049670v1

Response to Comment on "Robust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests

 Marie Laure Delignette-Muller , P. Veber
Environmental Science and Technology, 2017, 51, pp.8202-8203. ⟨10.1021/acs.est.7b02548⟩
Article dans une revue hal-02049671v1
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Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology

 Nicola Yanev , Rumen Andonov , Philippe Veber , Stefan Balev
[Research Report] PI 1814, 2006, pp.18
Rapport inria-00091944v1
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Modélisation grande échelle de réseaux biologiques : vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données

 Philippe Veber
Génie logiciel [cs.SE]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00185895v3
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GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.

 Nouri Ben Zakour , Michel Gautier , Rumen Andonov , Dominique Lavenier , Marie-Françoise Cochet , et al.
Nucleic Acids Research, 2004, 32 (1), pp.17-24. ⟨10.1093/nar/gkg928⟩
Article dans une revue hal-01454461v1
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Inferring the role of transcription factors in regulatory networks

 Philippe Veber , Carito Guziolowski , Michel Le Borgne , Ovidiu Radulescu , Anne Siegel
[Research Report] 2007
Rapport inria-00185038v1
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Optimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?

 Anne Siegel , Carito Guziolowski , Philippe Veber , Ovidiu Radulescu , Michel Le Borgne
Biofutur, 2007, 275, pp.27-31
Article dans une revue inria-00178791v1
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Epidemiology of asexuality induced by the endosymbiotic Wolbachia across phytophagous wasp species: host plant specialization matters.

 Thomas Boivin , Hélène Henri , Fabrice Vavre , Cindy Gidoin , Philippe Veber , et al.
Molecular Ecology Notes, 2014, 23 (9), pp.2362-2375. ⟨10.1111/mec.12737⟩
Article dans une revue hal-01092614v1

MOSAIC : une plate-forme web pour l’analyse statistique des données d’écotoxicologie. Fiche Thématique N°13

 Sandrine Charles , Virgile Baudrot , Philippe Veber
2018, 4 p
Article de blog scientifique hal-02791775v1
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Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study

 Carito Guziolowski , Philippe Veber , Michel Le Borgne , Ovidiu Radulescu , Anne Siegel
Journal of Biological Physics and Chemistry, 2007, 7, pp.37-43
Article dans une revue inria-00178914v1
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MaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers

 Cédric Chauve , Akbar A Rafiey , Adrian A Davin , Celine Scornavacca , Philippe Veber , et al.
2017, ⟨10.1101/127548⟩
Autre publication scientifique hal-01532738v3
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Combinatorial approaches for segmentingbacterium genomes

 Rumen Andonov , Nicola Yanev , Dominique Lavenier , Philippe Veber
[Research Report] RR-4853, INRIA. 2003
Rapport inria-00071730v1

Meta-transcriptomics reveals stress adaptation processes in microbial communities differing in exposure history

 Floriane Larras , Elise Billoir , Stefan Lips , Stephan Schreiber , Philippe Veber , et al.
"Ecology and Evolution: New perspectives and societal challenges" SFE2-GfÖ-EEF joint meeting, International conference on ecological sciences, Nov 2022, Metz, France
Communication dans un congrès hal-04077768v1

Qualitative, integrated modeling of lipid metabolism in hepatocytes

 O Radulescu , A Siegel , Mathieu Le Borgne , Philippe Veber , E Pécou , et al.
7th International Conference on Systems Biology - Yokohama, 2006, Japan. pp.Inconnu, 2006
Poster de conférence hal-02814736v1
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Neural Networks beyond explainability: Selective inference for sequence motifs

 Antoine Villié , Philippe Veber , Yohann de Castro , Laurent Jacob
Transactions on Machine Learning Research Journal, 2023, ⟨10.48550/arXiv.2212.12542⟩
Article dans une revue hal-03895446v1

Complex Qualitative Models in Biology: a new approach

 Philippe Veber , Michel Le Borgne , Anne Siegel , Sandrine Lagarrigue , Ovidiu Radulescu
Complexus, 2005, 2, pp.140-151
Article dans une revue inria-00178819v1
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Topology and static response of interaction networks in molecular biology

 Ovidiu Radulescu , Sandrine Lagarrigue , Anne Siegel , Philippe Veber , Michel Le Borgne
Journal of the Royal Society Interface, 2006, 3 (6), pp.185 - 196. ⟨10.1098/rsif.2005.0092⟩
Article dans une revue inria-00178842v1
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Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology

 Nicola Yanev , Rumen Andonov , Philippe Veber , Stefan Balev
[Research Report] RR-5973, INRIA. 2006
Rapport inria-00090635v2

Repair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming

 Martin Gebser , Carito Guziolowski , Mihail Ivanchev , Torsten Schaub , Anne Siegel , et al.
Principles of Knowledge Representation and Reasoning, 2010, Toronto, Canada
Communication dans un congrès inria-00538137v1
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Decision Diagrams for Qualitative Biological Models

 Michel Le Borgne , Philippe Veber
[Research Report] RR-6182, INRIA. 2007, pp.17
Rapport inria-00144597v2
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Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale

 Philippe Veber , Sébastien Tempel , Rumen Andonov , Dominique Lavenier , Jacques Nicolas
FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France
Communication dans un congrès hal-00186471v1

Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions

 Dominique Lavenier , Philippe Veber , Mathieu Giraud
2006, pp.23--33, ⟨10.1007/11812128_4⟩
Communication dans un congrès hal-00107094v1
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