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ProteINSIDE: a web service to computerize an in-depth analysis of functions, sequences, secretions and interactions for proteins

 Nicolas Kaspric , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Brigitte B. Picard , Muriel Bonnet , Jérémy Tournayre
11. Meeting on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics, Oct 2013, Lyon, France. pp.32, 2013, Proceedings of Eleventh Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics, Lyon, France, 17-19 October 2013
Poster de conférence hal-02746269v1

ATOL: Animal Trait Ontology for Livestock

 Pierre-Yves Le Bail , Jérôme Bugeon , Philippe Chemineau , Olivier Dameron , Alice Fatet , et al.
2012
Autre publication scientifique hal-01210343v1

Atol: Animal Trait Ontology for Livestock. Atol: Où en sommes-nous ?

 Pierre-Yves Le Bail , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Catherine Hurtaud , et al.
4. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2012), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Jan 2012, Rennes, France. 30 diapositives
Communication dans un congrès hal-01210637v1
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Méthodes et outils informatiques du Cati Sicpa

 Alexandre Journaux , Thierry Heirman , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Thierry Coudert , David Robelin , et al.
Cahier des Techniques de l'INRA, 2018, pp.27-36
Article dans une revue hal-02620322v1

Etat d'avancement d'ATOL et notion de robustesse

 Pierre-Yves Le Bail , Léa Joret , Olivier Dameron , Alice Fatet , Catherine Hurtaud , et al.
Transversalité du groupe "Domestication" INRA-IFREMER, Jun 2013, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01210757v1
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Proteomics data from ruminants easily investigated using ProteINSIDE

 Nicolas Kaspric , Brigitte B. Picard , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet
5. Management Committee Meeting and the 4. Meeting of Working Groups 1, 2, 3 of COST Action FA 1002, Nov 2014, Milan, Italy. pp.283-287, 2014
Poster de conférence hal-02743404v1
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Alicar: a database for carcass characteristics, diet composition and intake in ruminants

 Jean Vernet , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Marwa Al-Jammas , Isabelle Ortigues Marty
5. International Symposium on Energy and Protein Metabolism and Nutrition (Isep), Sep 2016, Cracovie, Poland
Communication dans un congrès hal-02740495v1
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Protein function easily investigated by genomics data mining using the ProteINSIDE web service

 Nicolas Kaspric , Brigitte B. Picard , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet
2. International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), Apr 2014, Grenade, Spain
Communication dans un congrès hal-02743910v1

Authorization and authentication in gLite

 Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt
Do-Son school on Advanced Computing and GRID Technologies for Research, ACGRID School, Nov 2007, Hanoi, Vietnam
Communication dans un congrès in2p3-00258117v1
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Virtual Screening on Large Scale Grids

 N. Jacq , Vincent Breton , H.-Y. Chen , L.Y. Ho , M. Hofmann , et al.
Parallel Computing, 2007, 33, pp.289-301. ⟨10.1016/j.parco.2007.02.010⟩
Article dans une revue in2p3-00134222v1
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Update of ProteINSIDE: an online tool for proteome data mining

 Jérémy Tournayre , Céline Boby , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Muriel Bonnet
JOBIM, Jul 2021, Paris - (Congrès virtuel), France
Poster de conférence hal-03283142v1

Les ontologies et leurs applications

 Jérôme Bugeon , Catherine Hurtaud , Pierre-Yves Le Bail , Linh-Chi Nguyen , Marie-Christine Meunier-Salaün , et al.
Séminaire à l'UMR1348 PEGASE Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage, Sep 2020, Saint-Gilles, France
Communication dans un congrès hal-03198080v1

A platform for bioinformatics on the grids

 Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , J. Salzemann , V. Bloch
EGEE'08, Sep 2008, Istanbul, Turkey
Communication dans un congrès in2p3-00345916v1

In silico docking on EGEE infrastructure: the case of WISDOM

 N. Jacq , Vincent Breton , M. Sridhar , K. Vinod-Kusam , J. Salzemann , et al.
EGEE User Forum, Mar 2006, Genève (CERN), Switzerland. pp.1-10
Communication dans un congrès in2p3-00110661v1

Logiciel détection gène majeur

 Capucine Le Marre , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Loys L. Bodin , Philippe Monget , Pascale Le Roy
2015
Logiciel hal-02797434v1

ATOL: une ontologie pour le phénotypage des animaux d'élevage

 Jean Vernet , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Isabelle Hue , et al.
Les Colloques de l'Académie d'Agriculture de France, Nov 2010, Paris, France. 75 p
Communication dans un congrès hal-02750374v1

EOL: Environment Ontology for Livestock

 Pierre-Yves Le Bail , Léa Joret , Jérôme Bugeon , Joël Aubin , Jean Paul Blancheton , et al.
2013
Logiciel hal-02810338v1

The new WISDOM environment

 J. Salzemann , V. Bloch , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , M. Delahaye , A. da Costa , et al.
4th EGEE User Forum/OGF 25 and OGF Europe's 2nd International Event Search, Mar 2009, Catania, Italy
Poster de conférence in2p3-00441237v1
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Large Scale In Silico Screening on Grid Infrastructures

 N. Jacq , Vincent Breton , H.-Y. Chen , L.-Y. Ho , M. Hofmann , et al.
The Third International Life Science Grid Workshop, LSGrid 2006, Oct 2006, Yokohama, Japan
Communication dans un congrès in2p3-00114085v1

Meta-analysis of the comparison of the metabolic and contractile characteristics of two bovine muscles: Longissimus thoracis and semitendinosus

 Sghaier S. Chriki , Brigitte B. Picard , Catherine C. Jurie , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Didier D. Micol , et al.
Meat Science, 2012, 91 (4), pp.423-429. ⟨10.1016/j.meatsci.2012.02.026⟩
Article dans une revue hal-02643463v1
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Proteotools

 Jérémy Tournayre , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Isabelle Cassar-Malek , Brigitte Picard , Muriel Bonnet
Lifegrid : journée - L’informatique au service des Sciences du Vivant et de la Santé, Dec 2013, Aubière, France. pp.2, 2013
Poster de conférence hal-01196476v1

L’étude des protéomes de ruminants facilitée par l’utilisation du web service ProteINSIDE

 Nicolas Kaspric , Brigitte B. Picard , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet
Journée AuDACES : Auvergne Développements et Calcul en Environnement Scientifique, Jun 2014, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-02800842v1

ATOL : une ontologie pour le phénotypage des animaux d'élevage

 Jean Vernet , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Isabelle Hue , et al.
Colloque international "La génomique bovine. Contribution de la génomique à l'avenir de l'élevage bovin", Oct 2011, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-01019432v1

107. The AHOL (Animal Health Ontology for Livestock) ontology for integrating data on the main diseases of farmed animals: An example in the pig sector

 M. Leblanc-Maridor , Coralie Ferret , Marie-Christine Meunier-Salaün , Mélanie Gunia , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , et al.
Animal. Science proceedings, 2023, 14 (5), pp.699-700. ⟨10.1016/j.anscip.2023.06.109⟩
Article dans une revue hal-04455809v1
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Update of ProteINSIDE: an online tool for proteome data mining

 Jérémy Tournayre , Céline Boby , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Muriel Bonnet
JOBIM, Jul 2021, Paris - (Congrès virtuel), France
Communication dans un congrès hal-03283757v1

ProteINSIDE https://www.proteinside.org

 Nicolas Kaspric , Brigitte B. Picard , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet
2015
Logiciel hal-02794560v1
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Les ontologies ATOL et EOL, des outils en appui aux nouveaux challenges en production porcine

 Marie-Christine Meunier-Salaün , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Isabelle Hue , et al.
46. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2014, Paris, France. pp.281-285
Communication dans un congrès hal-01019239v1
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ATOL and EOL ontologies, steps towards embryonic phenotypes shared worldwide?

 Isabelle Hue , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Catherine Hurtaud , et al.
4. Mammalian Embryo Genomics Meeting, Université Laval. CAN., Oct 2013, Hilton Quebec City, Canada. 102 p., ⟨10.1016/j.anireprosci.2014.06.013⟩
Communication dans un congrès hal-01205091v1
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Molecular signatures of muscle growth and composition deciphered by the meta-analysis of age-related public transcriptomics data

 Jeanne Bazile , Florence Jaffrezic , Patrice Dehais , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Christophe C. Klopp , et al.
Physiological Genomics, 2020, 52 (8), pp.322-332. ⟨10.1152/physiolgenomics.00020.2020⟩
Article dans une revue hal-02937790v1

PDB_REDO: automated re-refinement of X-ray structure models in the PDB

 R.P. Joosten , J. Salzemann , V. Bloch , H. Stockinger , A.-C. Berglund , et al.
Journal of Applied Crystallography, 2009, 42, pp.376-384. ⟨10.1107/S0021889809008784⟩
Article dans une revue in2p3-00385213v1
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