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Mircea T. Sofonea

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Documents

Présentation

affiliation actuelle : *Pathogenesis and Control of Chronic and Emerging Infections* (PCCEI, U1058) - Univ. Montpellier, Inserm, EFS, Univ. Antilles **postes** 2018 — maître de conférences Univ. Montpellier 2017 — 2018 chercheur post-doctorant CNRS 2014 — 2017 doctorant moniteur Univ. Montpellier **formation** 2021 DU stratégies anti-infectieuses (infectiologie hospitalière) Fac. Médecine, Univ. Montpellier 2017 doctorat en évolution des systèmes infectieux Univ. Montpellier 2014 diplôme de l'École normale supérieure Paris 2013 diplôme de l'Institut Pasteur Paris 2010 classes préparatoires Lyc. Henri-IV, Paris **concours & qualifications** 2018 Qualifications MCU biologie des populations, biologie des organismes & mathématiques appliquées 2014 Agrégation SVSTU (spécialité biologie & physiologie des organismes), CAPES mathématiques 2010 École normale supérieure de la rue d'Ulm 2009 Olympiades Internationales de Biologie 2008 Olympiades de Physique France **prix & distinctions** 2022 Prix Jean Mantz de la Société Française d’Anesthésie-Réanimation (meilleur article de l’année) 2009 Prix des Olympiades de l'Académie des Sciences
Current affiliation: *Pathogenesis and Control of Chronic and Emerging Infections* (PCCEI, U1058) - Univ. Montpellier, Inserm, EFS, Univ. Antilles **positions** 2018 — associate professor Univ. Montpellier 2017 — 2018 post-doctoral researcher CNRS 2014 — 2017 Phd student & lecturer Univ. Montpellier **responsibilities** 2023 — Member of the Steering Commitee of the TIE University-Hospital Federation University Hospital of Montpellier 2022 — Deputy Director for Research of the Exposome Institute of the University of Montpellier (ExposUM) Univ. Montpellier 2022 — Associate Editor of Anaesthesia Critical Care and Pain Medicine SFAR 2021 — Executive Member of the Modelling Coordinated Action ANRS|MIE 2021 — Member of the Air & COVID expert group ANSES 2021 — 2022 Head of the Theoretical & Experimental Evolution research group MIVEGEC 2016 — 2018 member of the organizing committee of the Evolution 2018 congress ESEB **training** 2021 University degree in anti-infective strategies (hospital infectiology) Medical school, Univ. Montpellier 2017 PhD in evolution of infectious systems Univ. Montpellier 2014 École normale supérieure diploma Paris 2013 Institut Pasteur diploma Paris 2010 classes préparatoires Lyc. Henri-IV, Paris **competitive examinations & qualifications** 2018 Associate professorship qualification in population biology, organismal biology and applied mathematics 2014 Agrégation in natural sciences (major in organismal biology & physiology), CAPES in mathematics 2010 École normale supérieure de la rue d'Ulm 2009 International Biology Olympiad 2008 France Physics Olympiad **awards & honours** 2022 Jean Mantz Prize of the French Society of Anaesthesia & Intensive Care (best article of the year) 2009 Olympiad Prize of the French Academy of Science

Publications

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Within-host evolutionary dynamics of antimicrobial quantitative resistance

 Ramsès Djidjou-Demasse , Mircea T Sofonea , Marc Choisy , Samuel Alizon
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2023, 18, pp.24. ⟨10.1051/mmnp/2023019⟩
Article dans une revue hal-03194023v4
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Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics

 Bastien Reyné , Quentin Richard , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩
Article dans une revue hal-03629334v1
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COVID-19 pandemic-associated chilblains: more links for SARS-CoV-2 and less evidence for high interferon type I systemic response

 Didier Bessis , Sophie Trouillet‐Assant , Léo‐Paul Secco , Nathalie Bardin , Brigitte Blanc
British Journal of Dermatology, 2022, 187 (6), pp.1032-1035. ⟨10.1111/bjd.21820⟩
Article dans une revue hal-03930679v1
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Principles of mathematical epidemiology and compartmental modelling application to COVID-19

 Bastien Reyné , Nicolas Saby , Mircea T Sofonea
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, 41 (1), pp.101017. ⟨10.1016/j.accpm.2021.101017⟩
Article dans une revue hal-03859869v1
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Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics

 Baptiste Elie , Bénédicte Roquebert , Mircea T Sofonea , Sabine Trombert-Paolantoni , Vincent Foulongne
Journal of Medical Virology, 2022, 94 (8), pp.3625-3633. ⟨10.1002/jmv.27757⟩
Article dans une revue hal-03651890v1

Peace, not war in Ukraine or anywhere else, please

 Jean-Yves Lefrant , Romain Pirracchio , Dan Benhamou , Marc-Olivier Fischer , Rosanna Njeim
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, pp.101068. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101068⟩
Article dans une revue hal-03667303v1
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Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020

 Samuel Alizon , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Haim-Boukobza , Jean-Marc Giannoli
Eurosurveillance, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩
Article dans une revue hal-03175551v3

Corrigendum to: Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

 Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni
International Journal of Epidemiology, 2022, 51 (2), pp.689-689. ⟨10.1093/ije/dyab269⟩
Article dans une revue hal-04056156v1
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Epidemic models: why and how to use them

 Mircea T Sofonea , Simon Cauchemez , Pierre-Yves Boëlle
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, 41 (2), pp.101048. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101048⟩
Article dans une revue hal-03638186v1
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Analyzing and Modeling the Spread of SARS-CoV-2 Omicron Lineages BA.1 and BA.2, France, September 2021–February 2022

 Mircea Sofonea , Bénédicte Roquebert , Vincent Foulongne , David Morquin , Laura Verdurme
Emerging Infectious Diseases, 2022, 28 (7), pp.1355-1365. ⟨10.3201/eid2807.220033⟩
Article dans une revue hal-03714983v1
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Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France

 Gonché Danesh , Baptiste Elie , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Antonin Bal
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩
Article dans une revue hal-03001114v2
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Estimating dates of origin and end of COVID-19 epidemics

 Thomas Bénéteau , Elie ` Baptiste , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e70. ⟨10.24072/pcjournal.63⟩
Article dans une revue hal-03120811v2
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SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France

 Benedicte Roquebert , Stéphanie Haim-Boukobza , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme
International Journal of Infectious Diseases, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩
Article dans une revue hal-03366559v1
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Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

 Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni
International Journal of Epidemiology, 2021, 50 (6), pp.1788-1794. ⟨10.1093/ije/dyab121⟩
Article dans une revue hal-03289625v1
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The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021

 Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Stéphanie Haim-Boukobza , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme
Eurosurveillance, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩
Article dans une revue hal-03289627v1
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Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021

 Samuel Alizon , Stéphanie Haim-Boukobza , Vincent Foulongne , Laura Verdurme , Sabine Trombert-Paolantoni
Eurosurveillance, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2021.26.28.2100573⟩
Article dans une revue hal-03289622v1
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SARS-CoV-2 viral RNA levels are not 'viral load'

 Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Ignacio G. Bravo
Trends in Microbiology, 2021, 29 (11), pp.970-972. ⟨10.1016/j.tim.2021.08.008⟩
Article dans une revue hal-03419147v1
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Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France

 Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩
Article dans une revue hal-03366541v1
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Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics

 Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger
Epidemics, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩
Article dans une revue hal-03289624v1
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Unresolved advantages of multipartitism in spatially structured environments

 Mark P Zwart , Stéphane Blanc , Marcelle Johnson , Susanna Manrubia , Yannis Michalakis
Virus Evolution, 2021, 7 (1), ⟨10.1093/ve/veab004⟩
Article dans une revue hal-03219672v1
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SARS‐CoV‐2 virulence evolution: Avirulence theory, immunity and trade‐offs

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1867 - 1877. ⟨10.1111/jeb.13896⟩
Article dans une revue hal-03289628v1
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Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections

 Thomas Beneteau , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩
Article dans une revue hal-03357550v1
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Detecting Rapid Spread of SARS-CoV-2 Variants, France, January 26–February 16, 2021

 Stéphanie Haim-Boukobza , Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme
Emerging Infectious Diseases, 2021, 27 (5), pp.1496-1499. ⟨10.3201/eid2705.210397⟩
Article dans une revue hal-03150819v3
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Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics

 Olivier Thomine , Samuel Alizon , Corentin Boennec , Marc Barthelemy , Mircea T Sofonea
eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩
Article dans une revue hal-03415297v1
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Age-structured non-pharmaceutical interventions for optimal control of COVID-19 epidemic

 Quentin Richard , Samuel Alizon , Marc Choisy , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse
PLoS Computational Biology, 2021, ⟨10.1371/journal.pcbi.1008776⟩
Article dans une revue hal-02879512v3
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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France

 Mircea T Sofonea , Corentin Boennec , Yannis Michalakis , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩
Article dans une revue hal-03289626v2
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Within-host bacterial growth dynamics with both mutation and horizontal gene transfer

 Ramsès Djidjou-Demasse , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Journal of Mathematical Biology, 2021, ⟨10.1007/s00285-021-01571-9⟩
Article dans une revue hal-02500420v1
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Detecting within-host interactions from genotype combination prevalence data

 Samuel Alizon , Carmen Lia Murall , Emma Saulnier , Mircea T Sofonea
Epidemics, 2019, 29, pp.100349. ⟨10.1016/j.epidem.2019.100349⟩
Article dans une revue hal-02387765v1
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A global asymptotic stability condition for a dimorphic Lotka-Volterra model with explicit indirect interactions

 Mircea T Sofonea
Applicable Analysis, 2019, ⟨10.1080/00036811.2018.1437417⟩
Article dans une revue hal-03366505v1
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Can Ebola Virus evolve to be less virulent in humans?

 Mircea T Sofonea , L. Aldakak , Luis F. V. V. Boullosa , Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (3), pp.382 - 392. ⟨10.1111/jeb.13229⟩
Article dans une revue hal-01897077v1

Small bottleneck size in a highly multipartite virus during a complete infection cycle

 Romain Gallet , Frédéric Fabre , Gael Thébaud , Mircea T Sofonea , Anne Sicard
Journal of Virology, 2018, 92 (14), pp.e00139-18. ⟨10.1128/JVI.00139-18⟩
Article dans une revue hal-01847886v1
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Exposing the diversity of multiple infection patterns

 Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Journal of Theoretical Biology, 2017, 419, pp.278 - 289. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.02.011⟩
Article dans une revue hal-01567902v1

From within-host interactions to epidemiological competition: a general model for multiple infections

 Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015, 370 (1675), pp.20140303. ⟨10.1098/rstb.2014.0303⟩
Article dans une revue hal-01571806v1
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Épidémiologie et évolution du SARS-CoV-2

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Les années COVID : comment y survivre, , pp.65-74, 2023, 978-2-493270-69-6
Chapitre d'ouvrage hal-04184205v1
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Rt2: computing and visualising COVID-19 epidemics temporal reproduction number

 Bastien Reyné , Gonché Danesh , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
2020
Pré-publication, Document de travail hal-03045490v1
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Epidemiological monitoring and control perspectives: application of a parsimonious modelling framework to the COVID-19 dynamics in France

 Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger
2020
Pré-publication, Document de travail hal-02619546v1
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Épidémiologie mathématique & modélisation de la pandémie de COVID-19 : enjeux et diversité

 Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger , Mircea T Sofonea
2020
Pré-publication, Document de travail hal-02924338v1

Note d’appui scientifique et technique de l’Anses relatif à la viabilité dans l’air et la dose infectante du virus SARS-COV-2

 Pierre Le Cann , Christophe Batéjat , Benoit Delache , Ignacio Garcia-Verdugo , Thi Lan Ha
Saisine n°2021-SA-0018, Anses. 2021, 101 p
Rapport anses-03898683v1
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De Delta à Omicron, scénarios de tendances hospitalières pour l'hiver 2021-2022

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 16, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique; IRD - Institut de recherche pour le developpement; Université de Montpellier. 2021
Rapport hal-03502127v1
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Modéliser l'épidémie de COVID-19 (résumé)

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea , Yannis Michalakis
[Rapport de recherche] 7, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950651v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France pourraient-ils être expliqués par des comorbidités ?

 Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950676v1
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Immunité de groupe et contrôle de l’épidémie de COVID-19

 Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport Technique] 2, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02882682v1
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Stochasticité et épidémie de COVID-19

 Thomas Bénéteau , Baptiste Elie , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 8, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950660v1
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Évolution de la virulence et COVID-19

 Samuel Alizon , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 12, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950712v1
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Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction

 Samuel Alizon , Bastien Reyné , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02882697v1
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Analyse de l’épidémie de COVID-19 en France et scénarios de contrôle

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 9, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950665v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD

 Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 11, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950702v1
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Évolution de la virulence et infections multiples

 Mircea T Sofonea
Biologie animale. Université Montpellier, 2017. Français. ⟨NNT : 2017MONTT114⟩
Thèse tel-01704686v1