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Hybrid Methods for improving Information Access in Clinical Documents: Concept, Assertion, and Relation Identification

 Anne-Lyse Minard , Anne-Laure Ligozat , Asma Ben Abacha , Delphine Bernhard , Bruno Cartoni , et al.
Journal of the American Medical Informatics Association, 2011, 18 (5), pp. 588-593. ⟨10.1136/amiajnl-2011-000154⟩
Article dans une revue hal-00794218v1
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Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task

 Estelle Chaix , Bertrand B. Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Louise Deleger , et al.
2016, pp.47
Autre publication scientifique hal-02795594v1
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QuickNorm, une méthode rapide et peu coûteuse pour la normalisation d'entité

 Arnaud Ferré , Louise Deleger
Journée GdR TAL - accès à l'information, Oct 2022, Rennes, France. 2022, ⟨10.1186/s12859-023-05350-9⟩
Poster de conférence hal-04318360v1

Morphosemantic parsing of medical compound words: Transferring a French analyzer to English

 Louise Deleger , Fiammetta Namer , Pierre Zweigenbaum
International Journal of Medical Informatics, 2009, 78 (1), pp.48-55
Article dans une revue hal-00413362v1
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OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.

 Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger , Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , et al.
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01455856v1
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Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

 Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec
Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩
Article dans une revue hal-02628265v1
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Text-mining needs of the food microbiology research community

 Estelle Chaix , Sophie Aubin , Louise Deleger , Claire Nédellec
2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01580677v1
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Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity

 Claire Nédellec , Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy
Communication dans un congrès hal-02736151v1

Comparison of OWL and SWRL-based ontology modeling strategies for the determination of pacemaker alerts severity

 Olivier Dameron , Pascal van Hille , Lynda Temal , Arnaud Rosier , Louise Deléger , et al.
Proceedings of the American Medical Informatics Association Conference AMIA, 2011, pp.284
Article dans une revue hal-00748796v1
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Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016

 Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Abdelhak Fatihi , Dialekti Valsamou , Robert Bossy , et al.
BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113
Communication dans un congrès hal-01455854v1

Defining Medical Words : Transposing Morphosemantic Analysis from French to English

 Louise Deleger , Fiammetta Namer , Pierre Zweigenbaum
12th International Conference MEDINFO, Aug 2007, Brisbane, Australia. pp.535-539
Communication dans un congrès halshs-00157857v1
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Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens

 Hélène Falentin , Olivier Harlé , Sandra Derozier , Louise Deléger , Estelle Chaix , et al.
23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022
Poster de conférence hal-03694214v1
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Does constituency analysis enhance domain-specific pre-trained BERT models for relation extraction?

 Anfu Tang , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
BioCreative VII Challenge Evaluation Workshop, Nov 2021, on-line, Spain
Communication dans un congrès hal-03447774v1

Named and specific entity detection in varied data: The Quaero Named Entity baseline evaluation

 Olivier Galibert , Ludovic Quintard , Sophie Rosset , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec , et al.
Seventh International Language Resources and Evaluation (LREC'10), 2010, La Valette, Malta
Communication dans un congrès hal-02496836v1

Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development

 Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Estelle Chaix , Robert Bossy , et al.
26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01524850v1
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BIBLIOME : Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes

 Robert Bossy , Arnaud Ferré , Équipe Bibliome , Claire Nédellec , Louise Deleger
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020, Dossier « Technologies du Langage Humain », 107, pp.7-9
Article dans une revue hal-03025321v1

Detecting negation of medical problems in French clinical notes

 Louise Deléger , Cyril Grouin
ACM SIGHIT International Health Informatics Symposium, Jan 2012, Miami, United States
Communication dans un congrès hal-01831251v1
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Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation

 Arnaud Rosier , Philippe Mabo , Lynda Temal , Pascal van Hille , Olivier Dameron , et al.
EP-Europace, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩
Article dans une revue hal-01331019v1

Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology

 Arnaud Ferré , Louise Deléger , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
International Conference on Language Resources and Evaluation, May 2018, Miyazaki, Japan
Communication dans un congrès hal-01899826v1
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Exploitation de plongements de graphes pour l'extraction de relations biomédicales

 Anfu Tang , Robert Bossy , Louise Deléger , Claire Nédellec , Pierre Zweigenbaum
18e Conférence en Recherche d'Information et Applications -- 16e Rencontres Jeunes Chercheurs en RI -- 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles -- 25e Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, Jun 2023, Paris, France. pp.298-310
Communication dans un congrès hal-04130138v1
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Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses

 Sandra Derozier , Louise Deleger , Estelle Chaix , Reda Mekdad , Mouhamadou Ba , et al.
JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France
Poster de conférence hal-02904156v1
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A French clinical corpus with comprehensive semantic annotations: development of the Medical Entity and Relation LIMSI annOtated Text corpus (MERLOT)

 Leonardo Campillos , Louise Deléger , Cyril Grouin , Thierry Hamon , Anne-Laure Ligozat , et al.
Language Resources and Evaluation, 2017, 52 (2), pp.571-601. ⟨10.1007/s10579-017-9382-y⟩
Article dans une revue hal-01631743v1

A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms

 Estelle Chaix , Robert R. Bossy , Louise Deleger , Claire Nédellec
Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece
Communication dans un congrès hal-04420417v1
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Do syntactic trees enhance Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) models for chemical–drug relation extraction?

 Anfu Tang , Louise Deleger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2022, 2022, ⟨10.1093/database/baac070⟩
Article dans une revue hal-03799268v1

Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA)

 Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy , et al.
Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩
Communication dans un congrès hal-01603453v1

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

 Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin , et al.
2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01607327v1
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Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach

 Sandra Dérozier , Robert Bossy , Louise Deléger , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix , et al.
2022
Pré-publication, Document de travail hal-03828105v1
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C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization

 Arnaud Ferré , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S23), pp.1-19. ⟨10.1186/s12859-020-03886-8⟩
Article dans une revue hal-03100410v1

Computerized CHA2DS2Vasc classification in remote atrial fibrillation alerts: an ontology-based approach

 Anita Burgun , Philippe Mabo , Pascal van Hille , Louise Deléger , Cyril Grouin , et al.
Congrès Mondial d’Electrophysiologie et de Techniques Cardiaques, Jan 2012, Nice, France
Communication dans un congrès hal-01831252v1
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Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

 Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec
Microbial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95
Communication dans un congrès hal-01602552v1
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