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The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

 R Apweiler , T K Attwood , A Bairoch , A Bateman , E Birney , et al.
Nucleic Acids Research, 2001, 29 (1), pp.37-40. ⟨10.1093/nar/29.1.37⟩
Article dans une revue hal-01213150v1
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LeGOO: An Expertized Knowledge Database For The Model Legume Medicago truncatula

 Sébastien Carrere , Marion Verdenaud , Clare Gough , Jerome Gouzy , Pascal Gamas
Plant and Cell Physiology, 2020, 61 (1), pp.203-211. ⟨10.1093/pcp/pcz177⟩
Article dans une revue hal-02290862v1

Combined linkage and association mapping of flowering time in Sunflower (Helianthus annuus L.)

 Eléna Cadic , Marie Coque , Felicity F. Vear , Bruno Grezes-Besset , Jérôme Pauquet , et al.
TAG Theoretical and Applied Genetics, 2013, 126 (5), pp.1337-1356. ⟨10.1007/s00122-013-2056-2⟩
Article dans une revue istex hal-02650134v1
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Next-Generation Annotation of Prokaryotic Genomes with EuGene-P: Application to Sinorhizobium meliloti 2011

 Erika Sallet , Brice Roux , Laurent Sauviac , M.-F. Jardinaud , S. Carrere , et al.
DNA Research, 2013, 20 (4), pp.339-353. ⟨10.1093/dnares/dst014⟩
Article dans une revue hal-03082947v1
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Specific versus non-specific immune responses in an invertebrate species evidenced by a comparative de novo sequencing study.

 Emeline Deleury , Géraldine Dubreuil , Namasivayam Elangovan , Eric Wajnberg , Jean-Marc Reichhart , et al.
PLoS ONE, 2012, 7 (3), pp.e32512. ⟨10.1371/journal.pone.0032512⟩
Article dans une revue halsde-00700368v1

Diagnostic de la résistance non liée à la cible chez les ray grass (Lolium sp.) : développement de tests rapides et fiables

 Arnaud Duhoux , Jerome Gouzy , Sébastien Carrère , L. Bonin , Christophe Délye
22. Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes, Association Française de Protection des Plantes (AFPP). FRA., Dec 2013, Dijon, France. 45 p
Communication dans un congrès hal-02746199v1

A Regulatory Network-Based Approach Dissects Late Maturation Processes Related to the Acquisition of Desiccation Tolerance and Longevity of Medicago truncatula Seeds

 Jérôme Verdier , David Lalanne , Sandra Pelletier , Ivone Torres-Jerez , Karima Righetti , et al.
Plant Physiology, 2013, 163 (2), pp.757 - 774. ⟨10.1104/pp.113.222380⟩
Article dans une revue hal-01209940v1
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Narcisse: a mirror view of conserved syntenies

 Emmanuel E. Courcelle , Yoann Beausse , Sébastien Letort , Olivier Stahl , Julien Fremez , et al.
Nucleic Acids Research, 2008, 36 (1), pp.D485-D490. ⟨10.1093/nar/gkm805⟩
Article dans une revue hal-02656575v1

Vers une révision des objectifs et méthodes de sélection de la luzerne

 Bernadette Julier , Philippe Barre , Vincent Beguier , Frederic Debellé , Jerome Gouzy , et al.
Les Journées de l'AFPF, Mar 2016, Paris, France. , 247 p., 2016, Les légumineuses fourragères et prairiales : Quoi de neuf ?
Poster de conférence hal-01595033v1

A transcriptomics-based approach enables the first identification of candidate genes involved in non-target-site-based resistance to herbicides in a grass weed (Alopecurus myosuroides)

 Jeanne Gardin , Roland Beffa , Jerome Gouzy , Sébastien Carrère , Christophe C. Delye
Global Herbicide Resistance Challenge Conference, Feb 2013, Perth, Australia. 115 p
Communication dans un congrès hal-02747324v1
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Transcriptomic analysis of the interaction between Helianthus annuus and its obligate parasite Plasmopara halstedii shows single nucleotide polymorphisms in CRN sequences

 Falah As-Sadi , Sebastien Carrere , Quentin Gascuel , Thibault Hourlier , David Rengel , et al.
BMC Genomics, 2011, 12, pp.498. ⟨10.1186/1471-2164-12-498⟩
Article dans une revue hal-02648363v1

La séquence du génome de Xanthomonas albilineans dévoile des particularités surprenantes chez cette bactérie pathogène de la canne à sucre

 Isabelle Pieretti , Monique Royer , Valérie Barbe , Sébastien Carrere , Ralf Koebnik , et al.
8èmes Rencontres plantes-bactéries, Jan 2008, Aussoies, France
Communication dans un congrès hal-01202965v1
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The small RNA diversity from Medicago truncatula roots under biotic interactions evidences the environmental plasticity of the miRNAome.

 Damien Formey , Erika Sallet , Christine Lelandais-Brière , Cécile Ben , Pilar Bustos-Sanmamed , et al.
Genome Biology, 2014, 15 (9), pp.457. ⟨10.1186/s13059-014-0457-4⟩
Article dans une revue hal-02635888v1

D'Iccare à Narcisse, une promenade parmi les mythes de la bioinformatique animale.

 Thomas Faraut , E. Courcelle , Jerome Gouzy
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau
Communication dans un congrès hal-02756487v1

Progress towards a reference genome for sunflower

 N. C. Kane , N. Gill , M. G. King , J. E. Bowers , Helene H. Berges , et al.
Botany / Botanique, 2011, 89 (7), pp.429 - 437. ⟨10.1139/B11-032⟩
Article dans une revue hal-02652111v1

Construction and validation of cDNA-based Mt6k-RIT macro- and microarrays to explore root endosymbioses in the model legume Medicago truncatula

 Helge Küster , N. Hohnjec , Fraziska Krajinski , Fikri El Yahyaoui , K. Manthey , et al.
Journal of Biotechnology, 2004, 108, pp.95-113
Article dans une revue hal-02671635v1

Expression profiling in Medicago truncatula identifies more than 750 genes differentially expressed during nodulation, including many potential regulators of the symbiotic program

 Fikri El Yahyaoui , Helge Küster , Besma Ben Amor , Natalija Hohnjec , Alfred Pühler , et al.
Plant Physiology, 2004, 136 (2), pp.3159-3176. ⟨10.1104/pp.104.043612⟩
Article dans une revue hal-02683438v1
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Adaptive Horizontal Gene Transfers between Multiple Cheese-Associated Fungi

 Jeanne Ropars , Ricardo Rodriguez de La Vega , Manuela Lopez-Villavicencio , Jerome Gouzy , Erika Sallet , et al.
Current Biology - CB, 2015, 25 (19), pp.2562-2569. ⟨10.1016/j.cub.2015.08.025⟩
Article dans une revue hal-01302701v1

FixJ-regulated genes evolved through promoter duplication in Sinorhizobium meliloti

 Lionel Ferrières , Anne Francez-Charlot , Jerome Gouzy , Stéphane Rouillé , Daniel Kahn
Microbiology, 2004, 150 (Part 7), pp.2335-2345. ⟨10.1099/mic.0.27081-0⟩
Article dans une revue hal-01213159v1
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Evolutionary strata on young mating-type chromosomes despite the lack of sexual antagonism

 Sara E Branco , Hélène E Badouin , Ricardo E Rodríguez de La Vega , Jerome Gouzy , Fantin E Carpentier , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017, 114 (27), pp.7067-7072. ⟨10.1073/pnas.1701658114⟩
Article dans une revue hal-01547790v1

Role of the RCT1 gene in anthracnose resistance in alfalfa

 Bernadette Julier , Isabelle Meusnier , Ludovic Alaux , Sandrine S. Flajoulot , Philippe P. Barre , et al.
29. Meeting of the Eucarpia Fodder Crops and Amenity Grasses Section, European Association for Research on Plant Breeding (EUCARPIA). Paris, FRA., Sep 2011, Dublin, Ireland. 391 p., ⟨10.1007/978-94-007-4555-1_25⟩
Communication dans un congrès hal-02749037v1

The hidden legume roots: cluster root development in white lupin

 Barbara Hufnagel , André Marques , Erika Sallet , William Marande , Alexandre Soriano , et al.
ICLGG International Conference on Legume Genetics and Genomics, May 2019, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-02953990v1

Full-length de novo assembly of RNA-seq data in pea (Pisum sativum L.) provides a gene expression atlas and gives insights into root nodulation in this species

 Susete Alves Carvalho , Gregoire G. Aubert , Sebastien Carrere , Corinne Cruaud , Anne-Lise Brochot , et al.
Plant Journal, 2015, 84 (1), pp.1-19. ⟨10.1111/tpj.12967⟩
Article dans une revue hal-02631162v1

Single-nucleotide polymorphism discovery and diversity in the model legume Medicago truncatula

 Karine K. Loridon , Concetta C. Burgarella , Nathalie N. Chantret , Frédéric F. Martins , Jerome Gouzy , et al.
Molecular Ecology, 2013, 13 (1), pp.84-95. ⟨10.1111/1755-0998.12021⟩
Article dans une revue istex hal-01000010v1
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Whole-genome sequencing reveals recent and frequent genetic recombination between clonal lineages of Cryphonectria parasitica in western Europe

 Arthur Demené , Ludovic Legrand , Jerome Gouzy , Robert Debuchy , Gilles Saint-Jean , et al.
Fungal genetics and biology: FG & B, 2019, 130, pp.122-133. ⟨10.1016/j.fgb.2019.06.002⟩
Article dans une revue hal-02170240v1

The partial chromosome sequence of Spiroplasma citri strain GII3-3X

 Patricia Carle , Colette Saillard , Alain A. Blanchard , N Carrere , Sébastien Carrère , et al.
16th International Congress of the International Organization for Mycoplasmology, 2006, Cambridge, United Kingdom. pp.Inconnu, 2006
Poster de conférence hal-02816748v1

The partial chromosome sequence of Spiroplasma citri strain GII3-3X

 Patricia Carle , Colette Saillard , Alain A. Blanchard , Nathalie Carrère , Sebastien Carrere , et al.
16. International congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jul 2006, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02753198v1
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Computational analysis of the Plasmodiophora brassicae genome: mitochondrial sequence description and metabolic pathway database design

 Stéphanie Daval , Arnaud Belcour , Kévin Gazengel , Ludovic Legrand , Jerome Gouzy , et al.
Genomics, 2019, 111 (6), pp.1629-1640. ⟨10.1016/j.ygeno.2018.11.013⟩
Article dans une revue hal-01943250v1
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Integrated gene prediction for prokaryotic genomes using EuGene

 Erika Sallet , Jerome Gouzy , Brice Roux , Delphine Capela , Laurent Sauviac , et al.
JOBIM 2011 - 12e édition du Colloque - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jun 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02748784v1

EuGene-PP: a next generation automated annotation pipeline for prokaryotic genomes.

 Erika Sallet , Jerome Gouzy , Thomas Schiex
Bioinformatics, 2014, 30 (18), pp.2659-2661. ⟨10.1093/bioinformatics/btu366⟩
Article dans une revue hal-02632297v1
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