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apex : phylogenetics with multiple genes

 Thibaut Jombart , Frederick Archer , Klaus Schliep , Zhian Kamvar , Rebecca Harris , et al.
Molecular Ecology Resources, 2017, 17 (1), pp.19 - 26. ⟨10.1111/1755-0998.12567⟩
Article dans une revue hal-01821911v1

Phylogeography of Toxoplasma gondii points to a South American origin.

 Emilie Bertranpetit , Thibaut Jombard , Emmanuel Paradis , Hilda Pena , Jitender P Dubey , et al.
13th International Conference on Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics of Infectious Diseases MEEGID XIII, May 2016, Anvers, Belgium
Poster de conférence hal-02326825v1
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Random phylogenies and the distribution of branching times

 Emmanuel Paradis
Journal of Theoretical Biology, 2015, 387, pp.39 - 45. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.09.005⟩
Article dans une revue hal-01821944v1
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The evolutionary radiation of Arvicolinae rodents (voles and lemmings): relative contribution of nuclear and mitochondrial DNA phylogenies

 Thomas Galewski , Marie-Ka Tilak , Sophie Sanchez , Pascale Chevret , Emmanuel Paradis , et al.
BMC Evolutionary Biology, 2006, 6, pp.80. ⟨10.1186/1471-2148-6-80⟩
Article dans une revue halsde-00324005v1

Evaluating alternative explanations for an association of extinction risk and evolutionary uniqueness in multiple insular lineages

 Ben Warren , Oskar Hagen , Florian Gerber , Christophe Thébaud , Emmanuel Paradis , et al.
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2018, 72 (10), pp.2005 - 2024. ⟨10.1111/evo.13582⟩
Article dans une revue ird-01920133v1
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A thirteen-million-year divergence between two lineages of Indonesian coelacanths

 Kadar Kadarusman , Hagi Yulia Sugeha , Laurent Pouyaud , Régis Hocdé , Intanurfemi Hismayasari , et al.
Scientific Reports, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-019-57042-1⟩
Article dans une revue ird-02438220v1
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pegas: an R package for population genetics with an integrated-modular approach

 E. Paradis
Bioinformatics, 2010, 26 (3), pp.419 - 420. ⟨10.1093/bioinformatics/btp696⟩
Article dans une revue istex hal-01822130v1
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Quantifying Variation in Speciation and Extinction Rates With Clade Data

 Emmanuel Paradis , Pablo A Tedesco , Bernard Hugueny
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2013, 67 (12), pp.3617 - 3627. ⟨10.1111/evo.12256⟩
Article dans une revue istex hal-01821922v1
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Modelling large-scale dispersal distances

 Emmanuel Paradis , Stephen R Baillie , William J Sutherland
Ecological Modelling, 2002, 151 (2-3), pp.279-292. ⟨10.1016/S0304-3800(01)00487-2⟩
Article dans une revue ird-02063958v1
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Linking genomics and population genetics with R

 Emmanuel Paradis , Thierry Gosselin , Jérome Goudet , Thibaut Jombart , Klaus Schliep
Molecular Ecology Resources, 2017, 17 (1), pp.54 - 66. ⟨10.1111/1755-0998.12577⟩
Article dans une revue hal-01821977v1
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Statistical analysis of diversification with species traits

 Emmanuel Paradis
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2005, 59 (1), pp.1 - 12. ⟨10.1111/j.0014-3820.2005.tb00889.x⟩
Article dans une revue hal-01822136v1
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A predictive model of the impact of urbanization on bacterial loads in watersheds

 Chantima Piyapong , Nitcha Chamroensaksri , Sayam Aroonsrimorakot , Lawan Eyosawat , Surasak Khankhum , et al.
Journal of Cleaner Production, 2021, 297, pp.126704. ⟨10.1016/j.jclepro.2021.126704⟩
Article dans une revue ird-03699134v1

Investigation of a Low-Cost Sequential Plating Based Process for Pb-free Bumping

 A. El Amrani , E. Paradis , D. Danovitch , D. Drouin
2018 7th Electronic System-Integration Technology Conference (ESTC), Sep 2018, Dresden, Germany. pp.1-5, ⟨10.1109/ESTC.2018.8546369⟩
Communication dans un congrès hal-02074096v1

Ecological Correlates and Evolutionary Divergence in the Skull of Turtles: A Geometric Morphometric Assessment

 Julien Claude , Peter Pritchard , Hayan Tong , Emmanuel Paradis , Jean-Christophe Auffray
Systematic Biology, 2004, 53 (6), pp.937-952. ⟨10.1080/10635150490889498⟩
Article dans une revue halsde-00303546v1
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Shift in diversification in sister-clade comparisons: a more powerful test

 Emmanuel Paradis
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2012, 66 (1), pp.288 - 295. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01429.x⟩
Article dans une revue istex hal-01822124v1
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Can extinction rates be estimated without fossils?

 Emmanuel Paradis
Journal of Theoretical Biology, 2004, 229 (1), pp.19-30. ⟨10.1016/j.jtbi.2004.02.018⟩
Article dans une revue ird-02063037v1

Une analyse phylogéographique indique une origine sud-américaine de la population de Toxoplasma gondii.

 Emilie Bertranpetit , Thibaut Jombart , Emmanuel Paradis , Hilda Pena , Jitender P Dubey , et al.
Congrès National de la Société Française de Parasitologie (SFP), Mar 2016, Grenoble, France
Poster de conférence hal-02326924v1

Extant diversity of bryophytes emerged from successive post-Mesozoic diversification bursts

 B. Laenen , B. Shaw , Henri Schneider , B. Goffinet , E. Paradis , et al.
Nature Communications, 2014, 5 (1), ⟨10.1038/ncomms6134⟩
Article dans une revue hal-01821908v1
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Interactions between spatial and temporal scales in the evolution of dispersal rate

 Emmanuel Paradis
Evolutionary Ecology, 1998, 12 (2), pp.235-244. ⟨10.1023/A:1006539930788⟩
Article dans une revue ird-02062888v1
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MooSciTIC: Training of trainers in West African research and higher education

 Ménonvè Atindehou , Kifouli Adeoti , Laura Estelle Yêyinou Loko , Thierry Beulé , Emmanuel Paradis , et al.
PLoS Biology, 2019, 17 (6), pp.e3000312. ⟨10.1371/journal.pbio.3000312⟩
Article dans une revue ird-02365690v1

Diversification of terrestrial and marine biotas in the Southwest Indian Ocean (Program ANR BIOTAS)

 J. Henrich Bruggemann , Dominique Strasberg , Nicolas Hubert , Ben H. Warren , C. Thebaud , et al.
Journées scientifiques de Tours, 2008, Tours, France
Communication dans un congrès hal-00867241v1
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Analysis of comparative data using generalized estimating equations

 Julien Claude , Emmanuel Paradis
Journal of Theoretical Biology, 2002, 218 (2), pp.175-185. ⟨10.1006/jtbi.2002.3066⟩
Article dans une revue ird-02063041v1
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Long lifespan in a population of Microtus (Pitymys) duodecimcostatus

 E. Paradis , Gérald Guedon
Mammalia, 1993, 57 (1), pp.142-144. ⟨10.1515/mamm.1993.57.1.123⟩
Article dans une revue istex hal-01827272v1
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Towards an integrated ecosystem of R packages for the analysis of population genetic data

 Emmanuel Paradis , Thierry Gosselin , Niklaus J. Grünwald , Thibaut Jombart , Stéphanie Manel , et al.
Molecular Ecology Resources, 2017, 17 (1), pp.1-4. ⟨10.1111/1755-0998.12636⟩
Article dans une revue hal-01605538v1
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Molecular dating of phylogenies by likelihood methods : a comparison of models and a new information criterion

 Emmanuel Paradis
Molecular Phylogenetics and Evolution, 2013, 67 (2), pp.436 - 444. ⟨10.1016/j.ympev.2013.02.008⟩
Article dans une revue ird-01813101v1
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Dynamique des populations du campagnol provençal (Microtus duodecimcostatus)

 Emmanuel Paradis
Bulletin De La Société Zoologique De France, 1996, 121 (3), pp.289-293
Article dans une revue ird-02062399v1
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Explaining global-scale diversification patterns in actinopterygian fishes

 Pablo A Tedesco , Emmanuel Paradis , Christian Lévêque , Bernard Hugueny
Journal of Biogeography, 2017, 44 (4), pp.773 - 783. ⟨10.1111/jbi.12905⟩
Article dans une revue ird-01832665v1
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Tempo and rates of diversification in the South American cichlid genus Apistogramma (Teleostei: Perciformes: Cichlidae)

 Christelle Tougard , Carmen R García Dávila , Uwe Römer , Fabrice Duponchelle , Frédérique Cerqueira , et al.
PLoS ONE, 2017, 12 (9), pp.e0182618. ⟨10.1371/journal.pone.0182618⟩
Article dans une revue hal-01593655v1
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APE, logiciel pour la phylogénétique et l’évolution : passé, présent et avenir.

 Emmanuel Paradis
Biosystema, 2018
Article dans une revue hal-03131614v1
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APE: analyses of phylogenetics and evolution in R language

 Emmanuel Paradis , Julien Claude , Korbinian Strimmer
Bioinformatics, 2004, 20 (2), pp.289-290. ⟨10.1093/bioinformatics/btg412⟩
Article dans une revue ird-01887318v1
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